В пределах охраняемой территории расположено несколько болотных массивов, большинство из них являются частью сложной болотной системы (не имеющей названия), состоящей из нескольких разнотипных массивов, слившихся в процессе развития в один. Массивы отделены друг от друга участками болотной растительности переходного типа либо заболоченными лесными островами.
Значительную часть площади заказника занимают аапа массивы. Для них характерны олигомезотрофные окрайки и безлесные, сильно обводненные грядово-мочажинные и грядово-озерково-мочажинные комплексы, расположенные в центральных частях болот. Растительность комплексов довольно разнообразная. Гряды заняты кустарничково-сфагновыми и пушицево-кустарничково-сфагновыми сообществами. Ведущую роль здесь играют болотные кустарнички: подбел узколистный (Andromeda polifolia), кассандра болотная (Chamaedaphne calyculata), береза карликовая (Betula nana), вороника гермафродитная (Empetrum hermaphroditum), клюква болотная и клюква мелкоплодная (Oxycoccus palustris и Oxycoccus microcarpus). Из трав наиболее обильны морошка (Rubus chamaemorus) и пушица влагалищная (Eriophorum vaginatum). В небольшом количестве произрастают росянки (Drosera anglica, (Drosera rotundifolia), осоки редкоцветковая и бутыльчатая (Carex pauciflora, Carex rostrata) и пухонос альпийский (Trichophorum alpinum). Моховой покров гряд образован преимущественно сфагновыми мхами: сфагнумом узколистным (Sphagnum angustifolium), сфагнумом магелланским (Sphagnum magellanicum) и реже сфагнумом бурым (Sphagnum fuscum). Мочажины занимают до 70% площади. Они сильно обводнены, вода часто стоит на поверхности.
В мочажинах распространены разнообразные травяно-сфагновые фитоценозы, в травяно-кустарничковом ярусе которых доминирует один из следующих видов - пухонос альпийский (Trichophorum alpinum), пухонос дернистый (Trichophorum caespitosum), вахта трехлистная (Menyanthes trifoliata), осока топяная (Carex limosa). Напочвенный покров образован сфагнами с примесью гипновых мхов. Небольшие площади заняты мезотрофными осоково-сфагновыми фитоценозами с господством осоки бутыльчатой (Carex rostrata), а также сфагнумов берегового (Sphagnum riparium) и сфагнумов Линдберга (Sphagnum lindbergii).
В пределах заказника расположены также верховые массивы и участки верхового типа. Один из таких массивов расположен в его северной части. Окрайка массива и прилегающие к лесным островам участки олигомезотрофные, некомплексные, характер микрорельефа мелкокочковатый. Растительность довольно однородная и представлена чередующимися кустарничково-морошково-сфагновыми и сосново-кустарничково-сфагновыми сообществами. Древесный ярус представлен невысокими, часто угнетенными деревьями Pinus sylvestris и Betula pubescens. Травяно-кустарничковый ярус хорошо развит, в нем доминирует кассандра болотная (Chamaedaphne calyculata), часто совместно с осокой шаровидной (Carex globularis). Наряду с этими видами постоянно встречаются багульник болотный (Ledum palustre), голубика (Vaccinium uliginosum), морошка приземистая (Rubus chamaemorus), клюква болотная (Oxycoccus palustris) и пушица влагалищная (Eriophorum vaginatum). На повышениях, наряду со сфагнумом бурым (Sphagnum fuscum), господствуют сфагнум узколистный (Sphagnum angustifolium) и сфагнум магелланский (Sphagnum divinum). Небольшие площади заняты мезотрофными топяными фитоценозами с доминированием Carex rostrata и сфагновыми мхами (Sphagnum riparium, Sphagnum fallax).
В центральной части распространены грядово-мочажинные и грядово-мочажинно-озерковые комплексы. Гряды кустарничково-сфагновые. Некоторые из них облесены сосной обыкновенной (Pinus sylvestris). В растительном покрове большинства гряд господствует кассандра болотная (Chamaedaphne calyculata). Постоянно участие березы карликовой (Betula nana), багульника болотного (Ledum palustre), подбела узколистного (Andromeda polifolia), клюквы болотной (Oxycoccus palustris) и водяники обоеполой (Empetrum hermaphroditum). Из трав часто встречаются морошка приземистая (Rubus chamaemorus) и росянка круглолистная (Drosera rotundifolia), реже пушица влагалищная (Eriophorum vaginatum) и осока малоцветковая (Carex pauciflora). Моховой покров таких гряд образован преимущественно сфагнумом бурым (Sphagnum fuscum). Растительность мочажин представлена маловидовыми шейхцериево-сфагновыми и осоково-сфагновыми сообществами. Кроме шейхцерии болотной (Scheuchzeria palustris) и осоки топяной (Carex limosa), в мочажинах встречаются клюква болотная (Oxycoccus palustris), пушица влагалищная (Eriophorum vaginatum), пушица рыжеватая (Eriophorum russeolum), подбел узколистный (Andromeda polifolia) и росянка круглолистная (Drosera rotundifolia). Среди мхов наиболее широко распространен сфагнум балтийский (Sphagnum balticum); в условиях большой обводненности - сфагнум большой (Sphagnum majus) и с. Йенсена (Sphagnum jensenii).
Прилегающая к озеру Керкатывад часть охраняемой болотной системы (южная часть территории заказника) представляет собой низинный массив, в центре которого находится озеро. Для данного участка характерен мелкокочковатый или равнинный микрорельеф и богатый видовой состав растений. Здесь распространены кустарничково-разнотравно-сфагновые, разнотравно-сфагновые, разнотравные сообщества, характерные для низинных болот. В травяно-кустарничковом ярусе господствуют или согосподствуют различные виды трав; из них в качестве доминантов могут выступать сабельник болотный (Comarum palustre), осока заливная (Carex paupercula), осока шерстистоплодная (Carex lasiocarpa), хвощ топяной (Equisetum fluviatile) и Menyanthes trifoliata, реже щавель кислый (Rumex acetosa). Также в большинстве фитоценозов произрастают кипрей болотный (Epilobium palustre), подмаренник топяной (Galium uliginosum), кизляк кистецветный (Naumburgia thyrsiflora), пушица многоколосковая (Eriophorum polystachion). Единично отмечены бузульник сибирский (Ligularia sibirica), осока плетевидная (Carex chordorrhiza), вех ядовитый (Cicuta virosa), пушица стройная (Eriophorum gracile), ряска малая (Lemna minor). Из кустарничков в большинстве сообществ произрастает только береза карликовая (Betula nana). Остальные виды - подбел узколистный (Andromeda polifolia), кассандра болотная (Chamaedaphne calyculata) и клюква болотная (Oxycoccus palustris) приурочены только к микроповышениям мозаичных кустарничково-разнотравно-сфагновых фитоценозов. В озерках распространена пузырчатка (Utricularia intermedia). Напочвенный покров отсутствует или образован бриевыми мхами (Calliergon giganteum, Straminergon stramineum, Plagiomnium ellipticum, Warnstorfia fluitans и др., их среднее проективное покрытие 30%). Сфагновые мхи занимают подчиненное положение и приурочены, в основном, к повышениям микрорельефа.
Окрайки массивов и участки, прилегающие к лесным островам, менее обводнены. Для них характерен равнинный или кочковатый микрорельеф. Растительный покров однородный или мозаичный. Окрайки часто облесены. Преобладают небольшие группы или отдельно стоящие деревья березы пушистой (Betula pubescens) и сосны обыкновенной (Pinus sylvestris). Местами много сухостоя. Растительность представлена кустарничково-сфагновыми, кустарничково-пушицево-сфагновыми и осоково-сфагновыми сообществами. В травяно-кустарничковом ярусе кустарничково-сфагновых и кустарничково-пушицево-сфагновых сообществ наиболее обильны береза карликовая (Betula nana), подбел узколистный (Andromeda polifolia), кассандра болотная (Chamaedaphne calyculata), пушица влагалищная (Eriophorum vaginatum), а в осоково-сфагновых фитоценозах - осока волосистоплодная (Carex lasiocarpa) и осока бутыльчатая (Carex rostrata). Постоянно встречаются росянка круглолистная (Drosera rotundifolia) и клюква болотная (Oxycoccus palustris); клюква местами довольно обильна. Также на окрайках произрастают виды, нуждающиеся в охране, - пальчатокоренник Траунштейнера (Dactylorhiza traunsteineri), очеретник белый (Rhynchospora alba) и биологическом надзоре (пальчатокоренник пятнистый (Dactylorhiza maculata). Напочвенный покров формируют сфагнум магелланский (Sphagnum divinum), сфагнум узколистный (Sphagnum angustifolium), сфагнум извилистый (Sphagnum fallax).
Разнообразие типов местообитаний, труднодоступность многих участков, развитая гидрологическая сеть делают данную территорию привлекательной для многих видов животных, в том числе хозяйственно-ценных и нуждающихся в охране (гуси, утки, лебеди, олени, лоси).
В заказнике охраняется следующий тип ландшафта - болота таежной зоны.
Почвы преимущественно болотные верховые торфяные.
Коренные породы территории представлены красноцветными глинами с прослоями пестроцветных полимиктовых песчаников и алевролитов, в основании гравелиты и конгломераты тирасовой системы чаркобожской свиты.