5.1. Министерство возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Республики Бурятия в порядке, установленном законодательством Республики Бурятия.
Министр имеет трех заместителей, в том числе одного первого заместителя, назначаемых и освобождаемых от должности решением Правительства Республики Бурятия.
5.2. Министерство имеет следующие структурные подразделения: комитеты по основным направлениям деятельности, самостоятельные отделы, секторы.
5.3. Министр экономики Республики Бурятия:
5.3.1. Осуществляет общее руководство деятельностью Министерства на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Министерство полномочий.
5.3.2. Распределяет обязанности между своими заместителями.
5.3.3. Утверждает положения о структурных подразделениях Министерства.
5.3.4. Назначает на должность и освобождает от должности работников Министерства.
5.3.5. Решает в соответствии с федеральным законодательством и законодательством Республики Бурятия о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Министерстве.
5.3.6. Утверждает штатное расписание Министерства в пределах установленных Правительством Республики Бурятия фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на его содержание в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в республиканском бюджете.
5.3.7. Представляет работников Министерства и других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации и Республики Бурятия.
5.3.8. Издает приказы, имеющие нормативный характер, а по оперативным и другим текущим вопросам организации деятельности Министерства - приказы ненормативного характера, иные локальные акты.