Большой вклад в развитие научно-исследовательской и инновационной деятельности вносят образовательные организации высшего образования, научные организации, находящиеся на территории города Севастополя.
Между Федеральным государственным бюджетным учреждением "Российский фонд фундаментальных исследований" (далее - РФФИ) и городом Севастополем заключено Соглашение от 22 мая 2014 г. N 2-С/208 о проведении региональных конкурсов проектов фундаментальных научных исследований. В рамках данного Соглашения Департамент образования и науки города Севастополя в 2019 году провел два конкурса: региональный конкурс проектов фундаментальных научных исследований, проводимый РФФИ и городом Севастополем в период 2019 - 2020 гг., и региональный конкурс на лучшие научные проекты фундаментальных исследований, выполняемых талантливой молодежью под руководством ведущего ученого ("Наставник"). По результатам конкурсов были выявлены 20 проектов-победителей.
Ежегодно в университетах Севастополя проводятся более 140 научных мероприятий, 35% которых являются международными. Расширяется перечень государств-участников и соорганизаторов научных мероприятий.