На территории республики насчитывается около 35 тысяч озер. В основном это небольшие водоемы с площадью менее 1 км2. Количество озер, имеющих площадь зеркала более 1 км2 составляет 142, в том числе в бассейне озера Байкал - 58, в бассейне р. Лены - 84.
Самым крупным не только в Бурятии, но и во всем мире является озеро Байкал. Это и самое глубокое озеро мира. Длина Байкала 636 км, наибольшая ширина 79 км, глубина - до 1642 м. Площадь водного зеркала озера - 31500 км2, что примерно равно площади Бельгии.
Кроме того, уникальность озера заключается в том, что оно является одним из древнейших на планете, и нет никаких признаков его старения.
Байкал сформировался около 30 млн. лет назад. Озеро приурочено к огромной тектонической впадине, ограниченной разломами земной коры, впадине, которая продолжает расширяться на 2 см в год. Байкал - горное озеро, его уровень выше уровня мирового океана на 445 м. Дно озера расположено почти на 1200 м ниже уровня океана. Мощность озерных отложений достигает почти 10 км.
Экосистема озера Байкал, включающая его водосборный бассейн, ежегодно воспроизводит в среднем 60 км3 воды. В него впадают около 350 рек, постоянно несущих свои воды в озеро. С логами и распадками, являющимися руслами временных водотоков, формирующихся во время выпадения осадков, их количество может увеличиться до 1123. Вытекает из озера лишь один водоток - р. Ангара.
Байкал покрывается льдом в южной части обычно в конце декабря - начале января, в северной - в середине декабря. Вскрытие происходит в южной части - в начале мая, в северной - в конце мая.
Во время наибольшего прогрева поверхности озера температура воды не превышает 14 - 16° и то лишь у берегов в заливах и бухтах. Ниже глубины 10 - 15 м температура быстро понижается и на глубине 50 - 100 м не превышает 4 - 6 °C.
Воды озера по составу слабоминерализованные мягкие гидрокарбонатно-кальциевые. Характерной особенностью Байкала является высокая стабильность газового режима, что весьма благоприятно для обитания гидробионтов. Микроорганизмы - постоянный компонент биоценозов воды и грунтов озера. Самоочищение природных вод определяется интенсивностью микробиологических процессов деструкции и минерализации веществ: деструкции подвергается ежегодно до 75% накапливаемого в озере органического вещества.
В бассейне Байкала имеется до 10 тыс. небольших озер карстового и ледникового происхождения.
Несколько других озерных групп располагаются в области депрессий, по своему генезису аналогичных с Байкальской депрессией, хотя и не достигших такого же развития. Среди этих озер - наиболее крупным является Гусиное озеро бассейна озера Байкал, озера Баунт и Бусани бассейна р. Лены и др. Все эти озера тектонического происхождения.
Кроме того, в горных областях Восточных Саян и Байкальского нагорья, много небольших по размеру озер ледникового генезиса.
В Баргузинской котловине, к востоку от районного центра с. Баргузин расположена группа минеральных (сульфатных) Алгинских озер. Имеются также небольшие минеральные соленые и горько-соленые озера в Боргойской степи, в бассейне р. Оронгой и др.