В качестве ключевых проблем Республики Бурятия можно выделить следующие:
- влияние "Байкальского фактора". Обладая на своей территории уникальным природным объектом, озером Байкал, Республика Бурятия несет на себе практически все издержки, связанные с выполнением природоохранных функций. Более 80,0% водосборной площади озера Байкал приходится на Республику Бурятия, и ограничения, налагаемые особым режимом хозяйственной деятельности, распространяются практически на всю территорию региона. Статья 5 Федерального закона от 01.05.1999 N 94-ФЗ "Об охране озера Байкал" требует сбалансированности решения социально-экономических и экологических проблем охраны уникальной экологической системы озера Байкал на принципах устойчивого развития;
- урбанизация, неравномерность расселения. Неравномерность расселения, размещения производства, бюджетной обеспеченности и недостаточная коммуникационная связанность территории создает дополнительную нагрузку на инфраструктуру крупных поселений, что снижает уровень жизни в них. Дисперсность расселения сельского населения является серьезной проблемой также для развития социальной сферы - очень высоки издержки. Дисперсность сельского населения провоцирует разреженность экономического пространства, что особо опасно в приграничной территории;
- неравномерность развития муниципальных образований в республике, снижающая конкурентоспособность республики, так как реально социально-экономическое развитие Республики Бурятия обеспечивают преимущественно города и муниципальные районы центральной зоны. Это создает дополнительную нагрузку на систему регулирования. Режимы регулирования (ООПТ, зоны традиционного природопользования коренных и малочисленных народов, моногорода, зона приграничной торговли) создают дополнительные возможности и ограничения для муниципальных образований и должны быть увязаны в единую модель регулирования территориального развития;
- моноструктура экономики, завязанная на группу предприятий. 14 крупных предприятий республики формируют 1/3 консолидированного бюджета, из них 10 обеспечивают 80,0% поступлений налога на прибыль. Практически все крупные предприятия входят в вертикально-интегрированные группы - холдинги. Соответственно руководители этих предприятий на местах в республике не имеют возможности принимать оперативные управленческие решения и вести собственную инвестиционную политику, в связи с чем, вся прибыль, получаемая от деятельности на территории региона, перераспределяется управлением холдинга и не всегда тратится на развитие данных предприятий;
- сохраняется зависимость от финансово-экономической политики федерального центра (дотационность республиканского бюджета составляет более 40%), что приводит к небольшой возможности маневра для собственного инструментария социально-экономического развития, в частности широкого использования мер селективной поддержки предприятий;
- экономическая сфера Республики Бурятия не имеет ярко выраженной специализации. В ней имеют место практически все виды экономической деятельности, начиная с высокотехнологичных и заканчивая предприятиями по добычи сырья. Однако масштаб производства в этих видах деятельности невелик и не задает "специфику" региональной экономической специализации. Вклад в национальную экономику Республики Бурятия не является существенным. Ввиду единичного представительства между разноотраслевыми предприятиями не образовались постоянные горизонтальные кооперированные связи, которые могли бы выполнять функцию скрепов хозяйственного комплекса и служить провайдерами синергетических эффектов на основе кластеризации;
- относительно высокая стоимость энергетических ресурсов. Продукция местных товаропроизводителей проигрывает с точки зрения цены среди аналогичных продуктов, произведенных в регионах с более низкой стоимостью энергоносителей. Ввиду отсутствия источников дешевой электроэнергии в больших объемах на территории Республики Бурятия, а также недостаточно развитой транспортной и инфраструктурной обеспеченности многие природные ресурсы остаются недоступными. Возможность интенсивной разработки минеральных ресурсов сдерживается еще и дефицитом энергетических мощностей;
- неразвитость культуры взаимодействия бизнес-структур. Рынки республики характеризуются закрытой конкурентной политикой крупных хозяйствующих субъектов, приводящая к занятию доминирующей рыночной доли, в том числе на рынках социально значимых товаров; наличием межкультурных барьеров взаимодействия рыночных субъектов и неразвитостью институализированных форм взаимодействия бизнеса и власти. Современные экономические условия региона требуют от хозяйствующих субъектов новых подходов к взаимодействию на рынках товаров и услуг;
- массовое выбытие из строя систем жизнеобеспечения (тепло-, энерго-, водопроводных сетей) и резкое ухудшение состояния жилого фонда в условиях отсутствия соответствующих объемов финансирования модернизации объектов инженерной инфраструктуры. в условиях отсутствия соответствующих объемов финансирования модернизации объектов инженерной инфраструктуры может привести к снижению качества жизни населения республики и усилению миграционного оттока.