Основным источником загрязнений являются неочищенные и недостаточно очищенные сточные воды от населения и промпредприятий, особенно в бассейне самого крупного притока - р. Селенга.
С целью снижения уровня экологического воздействия на центральную экологическую зону Байкальской природной территории предлагаются следующие решения по водоотведению сточных вод от населенных пунктов:
- развитие централизованного водоотведения и канализационных очистных сооружений в населенных пунктах Республики Бурятия;
- улучшение качества очистки сточных вод в населенных пунктах Республики Бурятия;
- реконструкции и интенсификации существующих очистных сооружений с доведением их степени очистки, до норм, отвечающих требования сброса в озеро Байкал и другие водные объекты: в п. Выдрино, с. Шалуты, с. Петропавловка, ст. Гусиное Озеро, с. Иволгинск, с. Петропавловка, с. Новокижингинск, а также реконструкцию цеха механического обезвоживания осадка очистных сооружений г. Улан-Удэ);
- строительство новых очистных сооружений для населенных мест, не имеющих централизованного водоотведения, а также в местах массового отдыха и рекреационных зонах: в с. Кабанск, г. Бабушкин, п. Заиграево, п. Аршан, с. Максимиха, п. Слобода;
- строительство очистных сооружений на территории туристско-рекреационной зоны;
- строительство сооружений обезвоживания и утилизации осадка сточных вод;
- очистку стоков от населенных пунктов с малой численностью населения и расположенных на незначительном расстоянии друг от друга предусматривается осуществлять на единых площадках (узлах);
- в местах массового отдыха населения предусматривается строительство выгребов с водонепроницаемым днищем. Доставку стоков предлагается осуществлять спец. автотранспортом в сливные станции, предусмотренные на каждой площадке очистных сооружений.