Несмотря на положительные тенденции в отрасли, ситуация в агропромышленном комплексе республики продолжает оставаться сложной. Сохраняется высокая закредитованность сельскохозяйственных товаропроизводителей, значительная доля производства сельскохозяйственной продукции по-прежнему сосредоточена в малых формах хозяйствования и характеризуется низкой товарностью, недостаточно развита система кооперации, ограниченные возможности технической и технологической модернизации отрасли. Не решены некоторые вопросы в области семеноводства, кадрового обеспечения агропромышленного комплекса, социальной и инженерной инфраструктуры в сельской местности и другие. Ситуация в отрасли осложняется засухой и неурожаем, постигшими республику в последние годы.
Остается низким уровень жизни сельского населения.
Анализ ситуации в агропромышленном комплексе выявил следующие основные проблемы:
- отток молодых и квалифицированных кадров из села в связи с непривлекательностью сельской жизни и низким уровнем заработной платы, высокой долей малоимущих сельских семей (40,0% семей имеют доходы ниже прожиточного минимума), слабо развитая государственная политика закрепления молодежи на селе;
- недостаточный уровень развития производственной и социальной инфраструктуры, системы дорожной сети, телекоммуникаций в сельской местности;
- низкая эффективность использования сельскохозяйственных угодий, необходимых для расширения производства сельхозорганизациями, крестьянскими (фермерскими) хозяйствами, инвесторами;
- слабое развитие специализации и кооперации в производстве сельскохозяйственной продукции;
- малая доля организаций с замкнутым циклом производства, переработки и реализации сельскохозяйственной продукции, недостаток сырья для полного обеспечения перерабатывающих мощностей республики;
- сравнительно низкий по отношению к соседним регионам уровень государственной поддержки сельского хозяйства, что ведет к снижению доходной базы и инвестиционной активности сельхозорганизаций;
- недостаточная информационная и просветительская работа среди сельских жителей и субъектов предпринимательства о мерах государственной поддержки в АПК, механизмах создания новых организаций, развития несельскохозяйственных видов деятельности;
- отсутствие на селе общественных организаций, союзов, объединений по видам деятельности, представляющих интересы сельхозтоварпроизводителей на всех уровнях власти;
- трудности в привлечения финансовых ресурсов для реализации инвестиционных проектов в АПК, в частности кредитных средств в виду сложной процедуры оформления кредитных договоров для сельскохозяйственных производителей;
- ужесточение экологического законодательства, связанного с реализацией Федерального закона "Об охране озера Байкал", необходимостью прохождения обязательной экологической экспертизы при строительстве объектов, включая объекты АПК;
- неудовлетворительное финансовое и материально-техническое обеспечение государственной ветеринарной службы Республики Бурятия, что может сказаться на эпизоотическом состоянии отрасли.