Животный мир, как и растительность, Республики Бурятия испытывает сильное техногенное воздействие. Под влиянием хозяйственного освоения территории (транспорт, строительство, освоение рудных месторождений, рубка лесов, распашка земель, выпас скота, мелиорация) структура животного мира претерпевает значительные изменения.
Одновременно с этим происходят изменения разнообразия живых организмов. Большой пресс испытывает в первую очередь наиболее уязвимая часть - редкие, уникальные и хозяйственно ценные виды, численность которых постоянно снижается.
Природные ресурсы Бурятии уникальны как по своим запасам, так и по их разнообразию. Густые хвойные леса, высокие горные хребты, широкие степи, горные долины с разноцветьем трав, обилие орехов и ягод представляют благоприятные условия для многочисленных представителей животного мира Бурятии. Здесь немало уникальных и редких видов, занесенных в Красную книгу. Всемирно известны баргузинский соболь, бурый медведь, горный козел, дикий северный олень. Изюбр, лось, белка, рысь, россомаха, косуля, кабарга, кабан, байкальская нерпа, омуль, а также многочисленные виды пернатых - вот неполный, но представительный перечень многообразия животного мира Бурятии.
В настоящее время на территории республики зарегистрировано 446 видов наземных позвоночных. Земноводные Бурятии представлены 6 видами из 2 отрядов. Пресмыкающихся в республике 7 видов, и все они из одного отряда, т.е. у нас обитают 0,1% фауны рептилий мира. Это объясняется многими факторами: в частности, суровым резко континентальным климатом, а также ограниченностью подходящих мест для их обитания, что в свою очередь, определяет крайне неравномерное распределение земноводных и пресмыкающихся в регионе. Часто они обитают на небольших, а порою изолированных далеко друг от друга территориях, поэтому весьма уязвимы от многих внешних факторов, некоторые из них стали редкими или даже исчезающими.
Птицы наиболее богатый класс наземных позвоночных Бурятии, включающий 348 видов, объединенных в 18 отрядов, что составляет около 4% - мировой авифауны. Из 348 видов 260 регулярно или нерегулярно гнездящиеся, 34 - пролетные, 7 - зимующие, 1 - летующий и 46 - залетные. Приведенные цифры весьма неустойчивы, потому что по разным причинам некоторые виды изменяют характер пребывания и область распространения.
Млекопитающих в Бурятии отмечено 85 видов из 7 отрядов, что составляет 21 - 23% териофауны мира. В целом, видовой состав животных Бурятии, как и любой другой области, не стабилен. Здесь постоянно происходят качественные и количественные изменения; появляются новые виды (например, в последние два десятилетия начали гнездится обыкновенный и серый скворцы, заметно расширяют свой ареал монгольская песчанка, сизый голубь, грач и др.), в то же время исчезают или уже исчезли некоторые другие виды (практически не встречаются в Бурятии дзерен, большой баклан, исчезают дрофа, лебедь-кликун, многие хищные птицы и др.) Последние требуют к себе повышенного внимания и специальных мер охраны. Таких редких и исчезающих видов в Бурятии, к сожалению, много: 2 вида земноводных, 4 - пресмыкающихся, 63 - птиц и 25 видов млекопитающих. 7 видов наземных позвоночных внесены в международную Красную книгу и 40 видов - в Красную книгу Российской Федерации.
Основная масса животных довольно четко "привязана" к определенным местам обитания. Ряд видов осуществляет сезонные миграции (перелеты птиц, весенние выходы к побережью Байкала бурых медведей, "берег бурых медведей" на северо-западном побережье, миграции дикого северного оленя, осенние переходы животных из высокогорий в среднегорья в поисках более комфортных условий жизни, передвижение хищников в поисках добычи и т.д.).
Крайне неблагополучными являются в последние годы условия для обитания, гнездования и выращивания молодняка водоплавающих и околоводных птиц. Причиной тому являются маловодные годы, и как следствие, изменение гидрорежима на территории водно-болотных угодий, их усыхание и исчезновение.
Учитывая ситуацию ухудшения эпидемиологической обстановки в России посредством заноса вирусов гриппа птиц, распространения бешенства, африканской чумы свиней немаловажным является в последние годы мониторинг заболеваемости охотничьих животных. В целом ситуация на 2016 г. с заболеваемостью диких животных не вызывает опасений: анализы на птичий грипп, АЧС, бруцеллез, трихинеллез у кабанов показывают отрицательные результаты. Вместе с тем, имеются случаи заражения финнозом и фасциолезом у копытных, трихинеллезом у медведей. Наиболее распространены случаи заражения диких животных кишечными паразитами.
Не менее актуальным является мониторинг состояния популяций волков и иных хищников, представляющих угрозу для человека и животных.
Анализ проводимых мониторинговых исследований показал, что наиболее острой проблемой на сегодня является ухудшение, изменение среды обитания диких животных.
Как показывают многолетние наблюдения, площадь трансформированных природных территорий ежегодно увеличивается в разы. Площадь лесов, арендованная под заготовку древесины, в Бурятии составляет на сегодня 2,8 млн. га. Наряду с официальной заготовкой, незаконной рубкой и пожарами в последние три года уничтожено более 0,7 млн. га лесов. В связи со сменой и изменением среды обитания имеет место нарушения стациального размещения популяций, их численности, плотности и трофических связей, что неминуемо сказывается на благополучии популяции дикой фауны. Высокий уровень фактора беспокойства, связанный с хозяйственной деятельностью и природно-климатическими условиями, изменение - уничтожение мест убежищ для рождения и выращивания молодняка подрывает воспроизводственный потенциал животных. В ходе мониторинга отмечено существенное изменение многолетних миграционных троп и изменение структуры миграций как вертикальных, так и межрайонных, межрегиональных. Переход животных в лучшие, сохранившиеся участки природной среды способствуют их излишней концентрации в определенных местах, что не всегда способствует улучшению экологической ситуации. Немалое влияние, кроме того, оказывают в регионе природно-климатические явления в последние годы - от ранних снегопадов, до аномально теплых осенних сезонов, что существенно влияет на биологический ритм жизнедеятельности, нарушает поведенческий режим животных, затрудняет или прекращает миграционную деятельность.
Основными обитателями вод Байкала являются представители низших типов - споровки, инфузории, губки, гидры, черви, членистоногие, моллюски. Особую роль играет эндемичный рачок эпищура, которым сформирована значительная часть всей биомассы зоопланктона Байкала, служащая основой кормовой базы большинству видов рыб, а также губки, выступающие в роли "биофильтров" байкальской воды.
Из 52 видов рыб, обитающих в Байкале, 27 являются эндемиками (большая и малая голомянка, бычок - желтокрылка, широколобка, длиннокрылка, даватчан, осетр, местный подвид омуля и т.д.). Основная масса рыб концентрируется в прибрежной водной зоне, в приустьевых частях рек, заливах.