3.1. Управление и контроль деятельности памятника природы "Молокановская впадина" осуществляет уполномоченный исполнительный орган государственной власти Кабардино-Балкарской Республики в области охраны окружающей среды - Министерство природных ресурсов и экологии Кабардино-Балкарской Республики (далее - Минприроды КБР).
3.2. Обеспечение функционирования, соблюдение режима особой охраны, сохранения и воспроизводства объектов животного и растительного мира в отношении памятника природы "Молокановская впадина" осуществляет государственное казенное учреждение "Дирекция особо охраняемых природных территорий Кабардино-Балкарской Республики" (далее - ГКУ "Дирекция ООПТ КБР").