На территории области расположено 6 аэропортов, из них один аэропорт федерального значения (Южно-Сахалинск) и 5 аэропортов местного значения (Оха, Ноглики, Шахтерск, Южно-Курильск (Менделеево), Ясный (Итуруп)). На Северных Курилах (о. Парамушир) есть вертодром, а на острове Шикотан вертолетная площадка.
Более 90% объема пассажирских перевозок за пределы области и обратно осуществляются воздушным транспортом. Регион имеет прямое авиасообщение с семью городами Российской Федерации и тремя зарубежными городами (Сеул, Токио, Саппоро). Абсолютное большинство межрегиональных и международных перевозок осуществляется из аэропорта Южно-Сахалинска. В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 04.12.2013 N 881 все аэропорты находятся в собственности Сахалинской области.
Транспортная доступность Сахалина и Курильских островов реализуется через регулярное транспортное морское сообщение на линии остров Сахалин (Корсаков) - Курильские острова (Кунашир, Шикотан, Итуруп). На линии круглогодично осуществляются перевозки пассажиров и грузов. Регулярное грузопассажирское транспортное морское сообщение между островами Кунашир и Шикотан осуществляется на самоходных плашкоутах. Регулярное транспортное сообщение с Северо-Курильским городским округом осуществляется с морского порта Петропавловск-Камчатский на грузопассажирском судне.
Основной вид морского сообщения о. Сахалин с материком - морская железнодорожная переправа Ванино - Холмск, обеспечивает около 75% всего объема завоза грузов на о. Сахалин.
Текущие проблемы и ограничения развития транспортной инфраструктуры.
В дорожной сети:
- слабое пространственное развитие сети автомобильных дорог, не обеспечивающее ее связность и единство в пределах островов;
- преобладание грунтовых дорог в северных районах о. Сахалин и на Курильских островах;
- низкий технический уровень дорог при относительно высоком физическом износе.
В авиасообщении и авиаперевозках:
- отсутствие прямого авиасообщения с США и китайскими мировыми центрами (Пекин, Шанхай, Тайбэй, Гонконг);
- окружной центр Северо-Курильск не имеет регулярного прямого сообщения с областным центром, наблюдаются сбои в регулярном вертолетном сообщении между Петропавловском-Камчатским и Северными Курилами, нарастают нехватка, старение регионального парка гражданской вертолетной авиации;
- низкий пассажиропоток внутренних рейсов из-за сниженной платежеспособности населения и недостатков маршрутной организации перевозок (все внутрирегиональные перевозки осуществляются транзитными рейсами через Южно-Сахалинск).
Развитие транспортной отрасли в регионе регулируется государственными программами "Развитие транспортной инфраструктуры и дорожного хозяйства Сахалинской области" и "Социально-экономическое развитие Курильских островов (Сахалинская область) на 2016 - 2025 годы".