Министерство строительства и архитектуры Республики Башкортостан осуществляет общее руководство, управление Программой, контроль и мониторинг за ходом ее реализации, целевым и эффективным использованием средств Фонда и бюджета Республики Башкортостан.
Для контроля за ходом реализации Программы органы местного самоуправления Республики Башкортостан систематически осуществляют ввод данных в АИС "Реформа ЖКХ" в информационно-телекоммуникационной сети Интернет, разработанную и обслуживаемую Фондом. На основании указанных данных государственное казенное учреждение Республики Башкортостан "Центр мониторинга аварийного жилищного фонда" осуществляет мониторинг реализации мероприятий Программы и формирует соответствующие сводные отчеты, которые представляет в Министерство строительства и архитектуры Республики Башкортостан для представления в Фонд.
Органы местного самоуправления Республики Башкортостан ежемесячно представляют отчеты о расходовании средств, предусмотренных на реализацию мероприятий Программы, в Министерство строительства и архитектуры Республики Башкортостан.
Ответственность за достоверность представленных в Министерство строительства и архитектуры Республики Башкортостан данных, введенных в АИС "Реформа ЖКХ", возлагается на муниципальные образования Республики Башкортостан.