В реализации Территориальной программы участвуют частные медицинские организации, включенные в реестр медицинских организаций, которым определены объемы медицинской помощи по диагностическим услугам, по оказанию медицинской помощи в амбулаторных условиях, а также по оказанию медицинской помощи в условиях дневного стационара, в том числе передвижной консультативно-диагностический центр "Доктор Войно-Ясенецкий" (Св. Лука), общество с ограниченной ответственностью "Гемодиализный центр Красноярск", оказывающий медицинскую помощь пациентам с терминальной хронической почечной недостаточностью, Красноярский филиал общества с ограниченной ответственностью "Эверест", Общество с ограниченной ответственностью "Медицинский центр "Жизнь", оказывающие медицинскую помощь пациентам с терминальной стадией хронической болезни почек, общество с ограниченной ответственностью "Медицинский центр гинекологической эндокринологии и репродукции "Три сердца" и общество с ограниченной ответственностью "Красноярский центр репродуктивной медицины", оказывающие медицинскую помощь в части диагностики и лечения бесплодия, по программе экстракорпорального оплодотворения, в части оказания высокотехнологичной медицинской помощи, частное учреждение здравоохранения "Клиническая больница "РЖД - Медицина" города Красноярск".
Участие частных медицинских организаций в реализации Территориальной программы является одним из направлений взаимодействия публичного и частного партнеров.