6.1. Министерство возглавляет министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности губернатором Магаданской области по согласованию с уполномоченным федеральным органом исполнительной власти по контролю за осуществлением переданных полномочий.
Министр является главным государственным инспектором по охране окружающей среды Магаданской области.
6.2. Министр имеет четырех заместителей, в том числе одного первого, назначаемых на должность и освобождаемых от должности губернатором Магаданской области.
6.3. В период отсутствия министра его обязанности исполняет первый заместитель министра, а при отсутствии первого заместителя министра - заместитель министра.
6.4. Министр:
- осуществляет общее руководство деятельностью Министерства на основе единоначалия;
- обеспечивает выполнение возложенных на Министерство задач и функций и несет персональную ответственность за результаты его деятельности;
- представляет интересы Министерства во всех государственных и иных организациях без доверенности;
- распоряжается финансовыми средствами Министерства в соответствии с действующим законодательством;
- открывает и закрывает счета в соответствии с законодательством, подписывает финансовые документы;
- обеспечивает выполнение задач, отнесенных к ведению Министерства, в полном соответствии с действующим законодательством и настоящим Положением;
- обеспечивает соблюдение финансовой и учетной дисциплины;
- утверждает штатное расписание Министерства в пределах фонда оплаты труда и численности работников, бюджетную смету на его содержание в пределах, утвержденных на соответствующий период лимитов, по согласованию с заместителем председателя Правительства Магаданской области в соответствии с распределением обязанностей (куратором);
- издает в пределах своей компетенции приказы и распоряжения, обязательные для всех сотрудников Министерства, утверждает регламенты и инструкции, дает указания по вопросам деятельности Министерства и контролирует их исполнение;