Министерство в соответствии с возложенными на него задачами осуществляет следующие функции:
3.1. В области недропользования:
3.1.1. Является уполномоченным органом в вопросах предоставления в пользование участков недр местного значения на территории Магаданской области.
3.1.2. Осуществляет проведение государственной экспертизы запасов полезных ископаемых, геологической, экономической и экологической информации о предоставляемых в пользование участках недр местного значения.
3.1.3. Согласовывает нормативы потерь общераспространенных полезных ископаемых при добыче, технологически связанных с принятой схемой и технологией разработки месторождения, превышающие по величине нормативы, утвержденные в составе проектной документации.
3.1.4. Согласовывает технические проекты разработки месторождений общераспространенных полезных ископаемых и иную проектную документацию на выполнение работ, связанных с пользованием участками недр местного значения.
3.1.5. Осуществляет оформление документов, удостоверяющих уточненные границы горного отвода, в отношении участков недр местного значения на территории Магаданской области, за исключением участков недр предоставленных в пользование в соответствии с лицензией на пользование недрами, в том числе участков недр местного значения на территории Магаданской области, содержащих месторождения общераспространенных полезных ископаемых, разработка которых осуществляется с применением взрывных работ.
3.1.6. Организует и осуществляет региональный государственный надзор за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр в отношении участков недр местного значения.
3.1.7. Разрабатывает и реализует совместно с уполномоченными федеральными органами исполнительной власти, иными органами исполнительной власти Магаданской области, органами местного самоуправления, общественными организациями, хозяйствующими субъектами предложения по формированию государственной политики Магаданской области в сфере недропользования, включающих подготовку новых и совершенствование действующих законов и иных нормативных актов Магаданской области.
3.1.8. Реализует государственную политику в соответствии с федеральным и областным законодательством в сфере использования минерально-сырьевых ресурсов, а также в сфере геологического изучения, рационального использования и охраны участков недр местного значения на территории Магаданской области.
3.1.9. Вырабатывает предложения по стратегии развития минерально-сырьевого комплекса Магаданской области, разрабатывает программы и мероприятия по реализации данной стратегии.
3.1.10. В пределах предоставленных полномочий участвует в разработке и реализации государственных программ геологического изучения недр, развития и освоения минерально-сырьевой базы Российской Федерации.
3.1.11. Разрабатывает и реализует государственные программы Магаданской области по вопросам развития и использования минерально-сырьевой базы.
3.1.12. Осуществляет подготовку технических заданий на выполнение научно-исследовательских и иных работ, проводимых в соответствии с государственными программами развития минерально-сырьевого комплекса Магаданской области.