3.1. Своеобразие географического положения заключается в том, что Заказник расположен на восточной окраине горного Крыма, находится на границе контакта с контрастными по ландшафтам природными зонами, что обуславливает с одной стороны формирование уникальных природных комплексов, с другой стороны в результате переходных черт природных условий данные комплексы не устойчивы к антропогенной нагрузке.
3.2. Котловинообразный рельеф и наличие в центральной части котловины пересыхающего соленого озера Бараколь определяет природоохранную ценность и аттрактивность ландшафтов, своеобразие природных условий и выделяет его среди территорий как юго-восточной части Крыма, так и Крымского полуострова в целом.
3.3. Своеобразие орографии исследуемого района способствует формированию как уникальных микроклиматических условий, так и воздушных потоков, присущих только Баракольской долине.
3.4. Баракольская котловина, как и генетически связанная с ней Коклюкская горст-антиклиналь, - уникальное геологическое и геоморфологическое образование Крыма, имеющее научное и учебно-познавательное значение.
3.5. Положение Заказника в ценотическом коридоре между предгорными и южнобережными ландшафтами горного Крыма обеспечивает основной поток видов растений и животных от северных предгорий к Южному берегу Крыма, что обуславливает проведение природоохранных мероприятий по его сохранению.
3.6. Флора Заказника включает около 235 видов и подвидов сосудистых растений, 7 из которых занесены в Красную книгу Республики Крым, 4 из них - в Красную книгу Российской Федерации.
3.7. На территории Заказника встречается порядка 10 видов млекопитающих, в периоды наполнения озера водой - до 113 видов птиц, 5 видов земноводных и пресмыкающихся, 35 видов животных, занесенных в Красную книгу Республики Крым, 17 из которых занесены в Красную книгу Российской Федерации.