Агентство осуществляет непосредственный контроль за ходом реализации мероприятий подпрограммы 3 и подготовку отчетов об их реализации.
Отчеты о реализации подпрограммы 3 формируются Агентством и представляются в министерство экономики и регионального развития Красноярского края и в министерство финансов Красноярского края за первое полугодие отчетного года в срок не позднее 10 августа отчетного года; годовой отчет - не позднее 1 марта года, следующего за отчетным.
Внутренний государственный финансовый контроль за соблюдением бюджетного законодательства Российской Федерации и иных нормативных правовых актов, регулирующих бюджетные правоотношения, и контроль за полнотой и достоверностью отчетности о реализации мероприятий подпрограммы 3 осуществляет служба финансово-экономического контроля и контроля в сфере закупок Красноярского края.
Внешний государственный финансовый контроль за использованием средств краевого бюджета на реализацию мероприятий подпрограммы 3 осуществляет Счетная палата Красноярского края в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Красноярского края.