2.1. Цель создания государственного природного заказника "Озера Койбальской степи" - сохранение водно-болотного угодья, являющегося местом массовой концентрации водоплавающих и околоводных видов птиц в период гнездования и миграции, в том числе занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Республики Хакасия.
2.2. Основные задачи создания государственного природного заказника "Озера Койбальской степи":
комплексное изучение природного наследия, осуществление мониторинга;
сохранение водоплавающих и околоводных видов птиц, в том числе занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Республики Хакасия;
сохранение мест концентраций водоплавающих и околоводных птиц уникального водно-болотного комплекса, расположенного на территории, включенной в резервный (теневой) список угодий Международной конвенции о водно-болотных угодьях (Рамсар, Иран, 1971);
поддержание оптимальных условий для размножения, линьки и миграции оседлых и перелетных видов птиц, в том числе занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Республики Хакасия;
экологическое воспитание, образование и просвещение населения.