Управление здравоохранением Ивановской области осуществляется Департаментом здравоохранения Ивановской области. Большинство учреждений государственной системы здравоохранения на территории Ивановской области является подведомственным Департаменту здравоохранения Ивановской области.
На территории Ивановской области имеются 3 учреждения федерального подчинения - ФГБУ "ИвНИИ МиД им. В.Н. Городкова" Минздрава России, Клиника ФГБОУ ВО ИвГМА Минздрава России, Медицинский центр "Решма" ФМБА России.