Планировочная организация территории отражена на Карте проектной планировочной структуры территории.
Пространственная структура территории республики формируется как планировочная система, основой которой являются каркасные элементы - природно-экологический и урбанизированный каркасы (каркас пространственного развития республики).
Природно-экологический каркас территории региона - это система функционально и территориально взаимосвязанных природных территорий (в том числе, долин крупных рек), которая выполняет средообразующие, природоохранные, рекреационные и оздоровительные функции и обеспечивает тем самым стабилизацию и улучшение состояния окружающей среды, экологическую безопасность развития территории и создание благоприятных условий для отдыха и оздоровления населения.
Формирование природно-экологического каркаса территории Республики Саха (Якутия) направлено на сохранение уникальных экосистем, поддержание экологической стабильности территории, сохранение всех видов природных ресурсов, предотвращение потери биоразнообразия и деградации ландшафтов.
Основными элементами природно-экологического каркаса республики являются: долины крупных рек с прилегающими лесными массивами; территории традиционного природопользования; система особо охраняемых природных территорий (ООПТ) федерального, регионального и местного значения (заповедники, ботанический сад, природные парки, ресурсные резерваты, охраняемый ландшафт, памятники природы, уникальные озера); защитные леса. Главная природная планировочная ось региона - долина реки Лены с ее крупными притоками.
Урбанизированный каркас образуют главные транспортные коммуникации и опорные центры расселения населения.
Основные планировочные оси - это федеральные транспортные связи - транспортные коридоры вдоль автомобильных дорог "Лена", "Колыма", "Вилюй", однако две первых требуют коренной реконструкции и капитального ремонта, а трасса "Вилюй" требует не только реконструкции, но и кардинальных мероприятий по практически новому строительству автодороги.
Действует участок Амуро-Якутской железнодорожной магистрали Беркакит - Алдан - Томмот. Построен участок до поселка Нижний Бестях, рассматривается возможность строительства совмещенного автомобильно-железнодорожного моста через Лену с выходом железной дороги на Якутск, а также продолжения строительства железной дороги на Мому - Магадан. В юго-восточной Якутии также близко к завершению строительство тупиковой железнодорожной линии Улак - Эльга, соединяющей БАМ с Эльгинским угольным месторождением. Зона прокладки трассы трубопроводной системы "Восточная Сибирь - Тихий океан" (ВСТО), ВЛ и газопровода включены также в урбанизированный каркас.
Второстепенные планировочные оси - это региональные связи на основе существующих автодорог и части зимников, которые предполагается перевести в дороги круглогодичного использования. Развитие транспортной инфраструктуры - одно из наиболее актуальных стратегических направлений Якутии.
На территории республики выделяются следующие крупные территориально-планировочные и экономические образования (зоны): центральная, западная, восточная, южная и арктическая - это крупные территориальные образования, отличающиеся административно-территориальной общностью, стабильностью границ, общностью транспортной и энергетической инфраструктуры, четко выраженной специализацией хозяйства, географической близостью, наличием общих экономических, социальных и культурных связей, схожестью природно-климатических условий.
Формирование крупных пространственных структур обусловлено реализацией долгосрочных инвестиционных проектов межрегионального и проектов межмуниципального сотрудничества.
Центральная экономическая зона представлена городскими округами "город Якутск" и "Поселок Жатай", Амгинским, Горным, Кобяйским, Мегино-Кангаласским, Намским, Таттинским, Усть-Алданским, Хангаласским и Чурапчинским муниципальными районами. В Центральной Якутии, где проживает порядка 53,7% населении республики, экономика специализируется на сервисном бизнесе, промышленности строительных материалов, агропромышленном производстве.
На территории Южной планировочной и экономической зоны, включающей Нерюнгринский и Алданский муниципальные районы (более 12% населения республики), активно разрабатываются месторождения золота и угля. Доля промышленности в экономике Южной Якутии достигает 85%. Ключевую роль в экономическом развитии Южной Якутии играет транспортная доступность, обеспечивающая постоянную надежную связь с другими регионами страны и создающая условия для освоения ресурсов данной территории.
Западная планировочная и экономическая зона с численностью 23,9% населения республики включает Ленский, Мирнинский, Олекминский, Вилюйский, Верхневилюйский, Нюрбинский и Сунтарский муниципальные районы. Характеризуется, как центр алмазодобычи, нефтегазодобычи, также экономика специализируется на лесопереработке и агропромышленном производстве.