Водные ресурсы Алтайского края представлены поверхностными и подземными водами, которые служат источниками водоснабжения для хозяйственно-питьевых, производственных целей, для нужд энергетики, орошения, а также являются водоприемниками сточных вод.
Улучшение экологического состояния водных объектов является важнейшим условием достижения высоких стандартов жизни населения, создания комфортных условий и обеспечения интересов будущих поколений жителей Алтайского края.
Одной из основных проблем неудовлетворительного состояния водных объектов является их заиление. Наиболее всего процессам заиления подвержены малые реки. Процесс обмеления рек, ухудшения качества воды и всего речного ландшафта усиливается за счет загрязнения воды пестицидами и другими химическими веществами, вызывающими отмирание прибрежной и водной растительности и ухудшающими речную фауну.
Заиление малых рек особенно характерно для лесостепной и степной зон. Здесь это осложняется сельскохозяйственной специализацией районов. Процессу эвтрофикации, заиливанию русел и, как следствие, обмелению рек способствует распашка водосборов, нередко до прирусловой бровки, выпас и организация водопоя скота в прибрежной зоне. Решение данной проблемы возможно путем реализации мероприятий по экологической реабилитации водных объектов. Также в экологической реабилитации нуждаются водные объекты, интенсивно нагруженные, а также частично или полностью преобразованные. Они расположены в пределах городских территорий, в районах добычи полезных ископаемых и интенсивного сельскохозяйственного освоения.
Паводки и связанное с ними вредное воздействие вод наиболее характерно для р. Оби в черте г. Барнаула (п. Затон, п. Ильича) и на участке от г. Барнаула до с. Шелаболиха, р. Чумыш на территории сел Тальменка, Забродино, Новотроицк, р. Бии на территории г. Бийска, а также р. Чарыш и р. Катуни. Значительные последствия они имеют для наиболее заселенных прибрежных территорий. Русловые процессы, интенсивно проявляющиеся на реках края, наряду с наводнениями, представляют большую опасность для жизнедеятельности населения. Они являются потенциальными источниками чрезвычайных ситуаций, особенно на р. Чумыш (Тальменский район), р. Бии (г. Бийск), р. Катуни (с. Верх-Катунское). Интенсификация русловых процессов и темпы планово-высотных деформаций русел этих рек служат причиной значительного размыва берегов.
В результате негативных русловых процессов в разные годы было смыто более трех десятков домов и участок старого Чуйского тракта. Сохраняется угроза разрушения сооружений аэропорта г. Бийска, зданий и земельных участков ряда садоводческих товариществ Бийского района.
На территории Алтайского края построено свыше 70 прудов и водохранилищ емкостью более 1 млн куб. м, в том числе 4 водохранилища емкостью более 10 млн куб. м, свыше 140 водохранилищ емкостью свыше 0,5 млн куб. м, которые эксплуатируются более 35 - 40 лет, и многие из них требуют капитального ремонта. Их ненадлежащее состояние реально угрожает созданием чрезвычайных ситуаций, чреватых опасными последствиями для жизни и здоровья людей, а также обострением экологических проблем.
Данные проблемы требуют неотложного комплексного подхода в решении вопросов, связанных с своевременным предотвращением и минимизацией наносимого ущерба населению и объектам экономики Алтайского края от негативного воздействия поверхностных вод.