Формирование и развитие взаимосвязанной транспортной системы относится к числу важнейших задач межмуниципального сотрудничества в агломерационном формате. В рамках существующих агломераций (как российских, так и зарубежных) естественным образом возникают транспортные потоки, включающие в себя трудовые миграции, выезд в зоны отдыха, потоки, связанные с грузоперевозками. В то же время во многих российских регионах агломерационные транспортные системы оказываются "разорванными" в соответствии с межмуниципальными границами.
Совершенствование транспортной инфраструктуры Барнаульской агломерации является одним из необходимых условий реализации намеченных задач. В данном направлении предполагается реализация совместной работы на краевом и городком уровне по строительству объездной дороги и третьего моста через реку Обь, реконструкции действующего, совмещенного с железнодорожным, коммунального моста - проектная документация по этим объектам изготовлена в 2017 году, развитие автобусной сети и преимущественно электротранспорта в городе Барнауле как наиболее экологичного, оптимизация логистических потоков.
Целесообразным является проектирование и строительство инженерных сетей на правом берегу реки Оби с использованием, в частности, очистных сооружений города Новоалтайска для комплексного развития правобережья в соответствии со Схемой территориального планирования Барнаульской агломерации.