При существующих достижениях и позитивных тенденциях развития город сталкивается с проблемами системного характера, которые отчасти являются следствием экстенсивной экономической модели, свойственной городу Барнаулу в последнем десятилетии.
Особенности развития экономики города по пути экстенсивного экономического развития:
1. Рост промышленного производства осуществлялся преимущественно за счет унаследованной с советских времен материально-технической базы и инфраструктуры на фоне низкой инновационной активности предприятий. Высокая материалоемкость и энергоемкость существующих производств, низкая производительность труда стали следствием недостатка современных организационных и технологических решений.
2. Развитие сферы услуг в городе характеризуется преобладанием "простейших" услуг (многочисленные торговые точки и рынки, а также, в меньшей степени, рестораны и бытовые услуги населению) с низкой добавленной стоимостью.
3. Бюджет города испытывает системный дефицит налоговой базы, что ограничивает возможности по реализации социальных проектов, направленных на повышение качества жизни населения.
4. Обостряются транспортные проблемы. Имеющаяся дорожно-транспортная сеть не справляется с увеличившимся автопарком, что влечет за собой дорожные заторы в часы пик, ухудшение экологической обстановки.
5. Относительно низкий уровень доходов населения в ключевых секторах экономики понижает привлекательность города для квалифицированных рабочих кадров.
6. Наблюдается миграционная модель, при которой город имеет положительное сальдо с остальными муниципальными образованиями Алтайского края, но отрицательное сальдо с прочими субъектами Российской Федерации, где выше уровень доходов населения.
7. Социальные риски понижают инвестиционную привлекательность города Барнаула, что отмечается в исследованиях ведущих рейтинговых агентств.
8. Экстенсивная модель экономического роста сопряжена с недостатком внимания к экологической проблематике. Экологическая обстановка в городе оценивается как удовлетворительная.
9. Несоответствие образовательных программ организаций высшего образования современным требованиям рынка труда.
Развитие экономики города Барнаула в перспективе будет направлено на смещение акцентов от экстенсивной модели роста к интенсивной с более полным использованием имеющегося у города потенциала.
На основе анализа основных параметров внешних и внутренних условий сформированы три сценария долгосрочного социально-экономического развития - инерционный, прогрессивный и базовый.