3.1. Агентство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Астраханской области.
Руководитель несет персональную ответственность за выполнение возложенных на агентство полномочий и осуществление функционального регулирования в установленной сфере деятельности.
Руководитель имеет заместителей, назначаемых на должности и освобождаемых от должности руководителем, по согласованию с заместителем председателя Правительства Астраханской области - министром экономического развития Астраханской области.
На время отсутствия руководителя его обязанности исполняет один из заместителей руководителя.
3.2. Структурными подразделениями агентства являются самостоятельные отделы по основным направлениям деятельности.
3.3. Руководитель агентства:
- распределяет обязанности между своими заместителями;
- утверждает положения о структурных подразделениях агентства;
- назначает на должность и освобождает от должности работников агентства;
- решает в соответствии с законодательством Российской Федерации и Астраханской области о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в агентстве;
- утверждает структуру и штатное расписание агентства в пределах установленных Правительством Астраханской области фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на их содержание в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в бюджете Астраханской области;
- представляет агентство в отношениях с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов Российской Федерации, органами государственной власти иностранных государств, международными организациями и органами государственной власти Астраханской области;
- издает приказы по оперативным и другим текущим вопросам организации деятельности агентства, подписывает постановления и распоряжения агентства;
- подписывает исковые заявления и жалобы в суды общей юрисдикции и арбитражные суды, выдает доверенности;