Развитие агропромышленного и рыбохозяйственного комплексов сопряжено с рисками и угрозами, которые могут существенно снизить производственный потенциал, а именно:
экономические риски, обусловленные возможностью ухудшения внутренней и внешней экономической конъюнктуры, снижения темпов роста мировой и национальной экономики, высокой инфляцией и кризисом банковской системы, снижением инвестиционной привлекательности отечественного сельского и рыбного хозяйства, снижением конкурентоспособности отечественной продукции;
технологические риски, вызванные отставанием по уровню технологического развития производственной базы;
климатические и агроэкологические угрозы, обусловленные неблагоприятными климатическими изменениями и аномальными природными явлениями стихийного характера, увеличением доли деградированных земель, снижением плодородия земель сельскохозяйственного назначения, последствиями природных и техногенных чрезвычайных ситуаций;
внешнеполитические риски, которые могут привести к ограничению потенциала развития отечественного сельского и рыбного хозяйства, вызванные колебаниями рыночной конъюнктуры, применением зарубежными странами мер государственной поддержки сельского хозяйства, искажающих международную торговлю;
ветеринарные и фитосанитарные риски, связанные с возникновением и распространением ранее не регистрировавшихся на территории Российской Федерации массовых заразных болезней животных, а также с распространением вредителей и болезней растений.
Дополнительно следует отметить неопределенность, возникшую в начале 2020 года в связи с распространением коронавирусной эпидемии и снижением биржевых котировок на сельскохозяйственную продукцию. Коронавирусная эпидемия привела к возникновению проблем с доставкой продовольственной продукции в Китайскую Народную Республику и общему снижению деловой активности в мире. Отмена деловых мероприятий и тендеров может негативно отразиться на динамике экспорта продукции агропромышленного комплекса.