Общую координацию выполнения мероприятий Программы осуществляет сектор по вопросам противодействия коррупции отдела анализа обеспечения правопорядка и безопасности населения.
Координацию выполнения мероприятий Программы в части, касающейся работы по противодействию коррупции при прохождении государственной гражданской службы Санкт-Петербурга в Комитете, осуществляет Отдел по вопросам государственной службы и кадров.
Контроль за реализацией мероприятий Программы осуществляется заместителем председателя Комитета, организующим в соответствии с распределением должностных обязанностей между заместителями председателя Комитета деятельность по реализации антикоррупционной политики.