Ключевым элементом действующей на сегодняшний день системы государственного управления в сфере рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов является механизм предоставления пользователям квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов сроком на 10 лет. Результаты уже практически пройденного цикла в целом положительные, что связано с кратным повышением устойчивости развития предприятий отрасли, сокращением числа убыточных предприятий. Удельный вес прибыльных организаций в общем объеме организаций по виду экономической деятельности "Рыболовство, рыбоводство" возрос с 69 процентов в 2010 году до 82 процентов в 2018 году.
С 2019 года используемый механизм закрепления долей квот продлен Федеральным законом "О внесении изменений в Федеральный закон "О рыболовстве и сохранении водных биологических ресурсов" в части совершенствования порядка распределения квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов" на следующий 15-летний период.
В течение 2015-2017 годов в соответствии с поручениями президиума Государственного Совета по вопросам развития рыбохозяйственного комплекса Министерством сельского хозяйства Российской Федерации и Федеральным агентством по рыболовству проведена работа по изменению отраслевого законодательства в части введения механизма квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов на инвестиционные цели.
За последнее десятилетие изменилось государственное регулирование в сфере налогообложения организаций рыбохозяйственного комплекса. Снижена фискальная нагрузка на рыбохозяйственные предприятия, в частности в виде предоставления налоговых льгот. Так, например, ставка сбора за пользование объектами водных биологических ресурсов составляет 15 процентов, а при рыболовстве в целях искусственного воспроизводства водных биологических ресурсов, а также в научно-исследовательских и контрольных целях ставка сбора равна 0 процентов. Реализация рыбы, рыбной и иной продукции из водных биологических ресурсов на экспорт, а также ввоз ее на территорию Российской Федерации освобождены от уплаты налога на добавленную стоимость. Кроме этого, при реализации рыбы, рыбной и иной продукции из водных биологических ресурсов на внутреннем рынке ставка налога на добавленную стоимость установлена в размере 10 процентов. Также рыбохозяйственные предприятия применяют специальный налоговый режим "Единый сельскохозяйственный налог".
Применяемые меры поддержки обеспечили снижение налоговой нагрузки на рыбохозяйственные организации с 13,7 процента в 2006 году до 7,8 процента в 2018 году. Эффективность предоставленных налоговых льгот подтверждается ростом объема инвестиций в рыбопромышленную отрасль - с 4,5 млрд. рублей в 2006 году до 23,9 млрд. рублей в 2018 году.