Контроль целостности пространственной информации предусматривает проверку данных на предмет изменения ее средствами, отличными от программ системы ведения банков цифровых пространственных данных, а также проверку корректности завершения работы, которые могли бы быть совершены нештатными средствами (перезагрузкой системы, отключением питания). Контроль целостности предполагает как проверку дисковой системы, так и проверку самих баз данных.