Ветхость, изношенность и аварийность гидротехнических сооружений, а в некоторых случаях их полное отсутствие, несет постоянную и повсеместную угрозу затопления ежегодными паводками жилых домов и объектов социальной инфраструктуры республики, которые находятся в непосредственной близости от водных объектов. Для предупреждения аварийных ситуаций на реках требуется постоянно проводить мероприятия по капитальному ремонту существующих и строительству новых берегоукрепительных сооружений. Мероприятия должны проводиться планово и последовательно с привлечением всех возможных средств.
Общая площадь паводкоопасных районов на территории республики достигает 5,25 тыс. квадратных километров, из которых ежегодно затапливает до 1,2 тыс. квадратных километров. Затоплению подвержены отдельные территории городов, населенных пунктов, хозяйственные объекты и более 7 тыс. гектаров сельскохозяйственных угодий.
Средний ежегодный экономический ущерб составляет более 280 млн. рублей. Численность населения, проживающего на территориях, подверженных негативному воздействию вод, составляет 56,957 тыс. человек.
В целях обеспечения защищенности населения и объектов экономики от негативного воздействия вод и снижения размеров ущерба, связанного с подтоплениями, необходимы превентивные меры: строительство и реконструкция сооружений инженерной защиты, прежде всего, в наиболее паводкоопасных и подверженных подтоплению районах. Размыв берегов бассейнов рек Кубань, Теберда, Большой и Малый Зеленчук, Кяфарь, Аксаут, Джегута увеличивает неустойчивость русла и ведет к интенсивному проявлению русловых деформаций. Активизация таких процессов значительно повышает риски для освоенных территорий и требует адекватных мер инженерной защиты.
По состоянию на конец 2012 года на территории республики имеется 267 гидротехнических сооружений.
На территории республики находится 57 гидротехнических сооружений, уровень безопасности которых оценивается как пониженный, неудовлетворительный.
Для предупреждения аварийных ситуаций на реках требуется проведение мероприятий:
по защите прибрежных населенных пунктов, хозяйственных объектов республики от негативного воздействия вод, в том числе по строительству, реконструкции и капитальному ремонту берегоукрепительных сооружений и сооружений инженерной защиты (включая разработку проектной документации);
по повышению безопасности эксплуатируемых гидротехнических сооружений прудов и водохранилищ, в том числе их реконструкция и капитальный ремонт;
по восстановлению гидротехнических сооружений прудов и водохранилищ - источников питьевого водоснабжения населения.
Проблемой, требующей особого внимания, является сохранившийся высокий уровень негативного антропогенного воздействия на водные объекты. В водные объекты республики сбрасывается ежегодно около 55 млн. куб. м сточных вод, из которых около 9 млн. куб. м сбрасывается без очистки и 45 млн. куб. м недостаточно очищенных.
Структура сточных вод: 17 процентов стоков сброшено без очистки, 81,2 процента - недостаточно очищенных, 1,6 процента стоков - нормативно чистых без очистки, 0,2 процента - нормативно-очищенных на сооружениях очистки.
Большое количество загрязняющих веществ со сточными, ливнево-дренажными водами сбрасывается в реки республики, загрязняя их воды. Наиболее загрязненными и потерявшими способность к самоочищению являются озеро Соленое Прикубанского района, пруд поселка Московский, река Абазинка города Черкесск.
Основной проблемой сброса сточных вод без очистки и недостаточно очищенных являются устаревшие, перегруженные очистные сооружения канализации либо их отсутствие.