Начальной точкой границы Черноковского сельского поселения является точка 1, обозначающая место пересечения границ Зареченского, Первовагайского и Черноковского сельских поселений и расположенная в 1,19 км к юго-востоку от устья реки Глубокая, на месте соединения старицы с рекой Вагай.
От точки 1 граница Черноковского сельского поселения идет на протяжении 8,64 км в юго-восточном направлении по старице, вдоль озера Арамас, русла реки Вагай и по реке Агитка до точки 2, расположенной на реке Агитка в 0,70 км на юго-восток от поворотного столба линии ЛЭП.
От точки 2 граница идет на протяжении 2,99 км в юго-западном и южном направлениях по линии ЛЭП, далее 6,80 км в северо-восточном направлении по сельскохозяйственным угодьям, по массиву леса и по реке Агитка до точки 3, обозначающей место пересечения границ Зареченского, Казанского и Черноковского сельских поселений и расположенной на реке Агитка в 0,79 км на юго-запад от развилки полевой и улучшенной грунтовой дорог.
От точки 3 граница идет на протяжении 7,58 км на юг по лесному массиву и болоту до точки 4, расположенной в 0,98 км на юго-запад от озера Измулла.
От точки 4 граница идет на протяжении 7,36 км на юго-восток по болоту и лесному массиву до точки 5, обозначающей место пересечения границ Тукузского, Казанского и Черноковского сельских поселений и расположенной в 2,50 км на северо-восток от озера Кукуй и в 0,5 км на северо-восток от юго-восточного угла лесного квартала N 16 Черноковского лесничества.
От точки 5 граница идет на протяжении 19 км на юг по болоту, пересекая колки леса, до точки 6, расположенной на болоте, в 1,62 км от озера Бол. Шугурово.
От точки 6 граница идет на протяжении 32,93 км на юго-восток по болоту и массивам леса, огибая озеро Лянгуль и озеро без названия до точки 7, обозначающей место пересечения границ Тукузского, Вершинского и Черноковского сельских поселений и расположенной в 2,09 км на юго-запад от устья реки Бол. Ик и в 0,41 км на север от реки Бол. Ик.
От точки 7 граница идет на протяжении 6,47 км на юг по лесному массиву и болоту, пересекая реку Бол. Ик, до точки 8, обозначающей место пересечения границ Вершинского, Черноковского и Первомайского сельских поселений и расположенной в 2,20 км на восток развилки зимней и полевой дорог и в 1,60 км на северо-запад от юго-восточного угла лесного квартала N 250 Вагайского лесничества Вагайского лесхоза.
От точки 8 граница идет на протяжении 36,03 км на запад по лесному массиву и болоту, пересекая реку Мал. Ик до точки 9, расположенной в 0,30 км на восток от озера Иерусалимское.
От точки 9 граница идет на протяжении 11,31 км на север по болоту, пересекая колки леса, до точки 10, расположенной в 3,60 км на северо-запад от озера Кулаково и в 0,20 км на юго-восток от озера без названия.
От точки 10 граница идет на протяжении 9,64 км на северо-запад по лесному массиву, пересекая реку Вагай, улучшенную грунтовую дорогу, до точки 11, расположенной в 0,46 км на юг от озера Боровичное и в 1,1 км на северо-восток от развилки лесной дороги.
От точки 11 граница идет на протяжении 8,68 км на запад вдоль автозимника до точки 12, обозначающей место пересечения границ Шишкинского, Черноковского и Первомайского сельских поселений и расположенной в 0,15 км на юг от автозимника и в 1,50 км на северо-восток от озера Кривое.
От точки 12 граница идет на протяжении 4,74 км на запад и 14,21 км на северо-запад по болоту и лесным массивам до точки 13, обозначающей место пересечения границ Птицкого, Черноковского и Шишкинского сельских поселений и расположенной в 2,40 км на северо-восток от развилки зимних дорог и в 0,70 км на юго-запад от северо-восточного угла лесного квартала N 182 Вагайского лесничества.
От точки 13 граница идет на протяжении 19,45 км на северо-восток по лесному массиву до улучшенной грунтовой дороги и 0,79 км на северо-запад по дороге до точки 14, обозначающей место пересечения границ Черноковского, Птицкого и Первовагайского сельских поселений и расположенной на восточной стороне улучшенной грунтовой дороги в 2,40 км на юго-восток от развилки улучшенных грунтовых дорог.