Начальной точкой границы Шишкинского сельского поселения является точка 1, обозначающая место пересечения границ Птицкого и Шишкинского сельских поселений Вагайского муниципального района с Тобольским муниципальным районом и расположенная в северо-западном углу лесного квартала N 3 Ушаковского лесничества Вагайского лесхоза.
От точки 1 граница идет на протяжении 2,33 км в юго-восточном направлении по северной границе лесного квартала N 3 Ушаковского лесничества Вагайского лесхоза, далее 7,62 км в северо-восточном и юго-восточном направлениях по лесному массиву и сельскохозяйственным угодьям, пересекая улучшенную грунтовую дорогу и реку Ашлык, до точки 2, расположенной в 2,40 км на северо-восток от поворотного столба линии ЛЭП 35 кВ и в 0,7 км на юг от северо-западного угла лесного квартала N 178 Вагайского лесничества Вагайского лесхоза.
От точки 2 граница идет на протяжении 10,29 км в юго-восточном и северо-восточном направлениях по лесному массиву и по болоту до точки 3, обозначающей место пересечения границ Птицкого, Черноковского и Шишкинского сельских поселений и расположенной в 2,40 км на северо-восток от развилки зимних дорог и в 0,70 км на юго-запад от северо-восточного угла лесного квартала N 182 Вагайского лесничества.
От точки 3 граница идет на протяжении 14,21 км на юго-восток и 4,74 км на восток по лесным массивам и болоту до точки 4, обозначающей место пересечения границ Шишкинского, Черноковского и Первомайского сельских поселений и расположенной в 0,15 км на юг от автозимника, в 1,5 км на северо-восток от озера Кривое.
От точки 4 граница идет на протяжении 4,65 км на юг и 6,65 км на запад по болоту до точки 5, расположенной на северо-восточном берегу озера Бол. Лебяжье.
От точки 5 граница идет на протяжении 6,55 км в юго-западном направлении по восточному берегу озера Лебяжье, по болоту, по западному берегу озера Большой Иткуль, далее 1,76 км на северо-запад по южной границе лесных кварталов N 76, 75 Ушаковского лесничества Вагайского лесхоза до точки 6, расположенной на просеке в 0,39 км на северо-запад от юго-западного угла лесного квартала N 76 Ушаковского лесничества Вагайского лесхоза.
От точки 6 граница идет на протяжении 6,22 км на юго-запад по лесному массиву, далее 5,97 км в юго-западном направлении вдоль проселочной дороги до точки 7, обозначающей место пересечения границ Шишкинского, Ушаковского и Первомайского сельских поселений и расположенной на зимней дороге в 0,20 км к юго-востоку от развилки зимней и проселочной дорог.
От точки 7 граница идет на протяжении 8,93 на северо-запад, далее делает петлю вокруг урочища Стенино на протяжении 15 км в юго-западном, северном и северо-восточном направлениях до точки 8, расположенной в 0,80 км на север от реки Ашлык и в 0,80 км на юго-запад от развилки лесной и проселочной дорог.
От точки 8 граница идет на протяжении 9,22 км в северо-западном и северном направлениях по лесному массиву, болоту Мингинскому, сельскохозяйственным угодьям до точки 9, расположенной в 0,5 км на север от поворотного столба линии ЛЭП 35 кВ.
От точки 9 граница идет на протяжении 18,65 км в северо-восточном и северо-западном направлениях по лесному массиву, огибая урочище Запоповщина с северо-восточной стороны, и по болоту, огибая лесной массив, до точки 10, обозначающей место пересечения границ Шишкинского и Ушаковского сельских поселений Вагайского муниципального района с Тобольским муниципальным районом и расположенной на южном берегу озера без названия.
От точки 10 граница идет на протяжении 16,91 км в северо-восточном направлении по южной границе лесных кварталов N 175, 169, 170, 171 Карачинского лесничества до точки 1.
Настоящее описание границы Шишкинского сельского поселения составлено по топографическим картам масштаба 1:100000 издания 1996 года (состояние местности на 1991 год), по опознанным топографическим объектам с учетом материалов землеустройства, лесоустройства и материалов согласования областных границ.
Все расстояния, приведенные в настоящем описании границы, измерены по карте масштаба 1:100000 с точностью до 0,01 км.
Общая протяженность границы Шишкинского сельского поселения составляет 139,70 км.