Большой вклад в развитие научно-исследовательской и инновационной деятельности вносят образовательные организации высшего образования, научные организации, находящиеся на территории города Севастополя.
Между Федеральным государственным бюджетным учреждением "Российский фонд фундаментальных исследований" (далее - РФФИ) и городом Севастополем заключено Соглашение от 22 мая 2014 г. N 2-С/208 о проведении региональных конкурсов проектов фундаментальных научных исследований. В рамках данного Соглашения в 2018 году состоялся региональный конкурс проектов фундаментальных научных исследований. По результатам конкурса РФФИ были выбраны 64 проекта (реализация проектов рассчитана на 2 года).
На основании решения бюро Совета РФФИ, протокола заседания бюро совета РФФИ от 04.10.2018 N 11 (208) объявлен региональный конкурс на лучшие научные проекты фундаментальных исследований, выполняемых талантливой молодежью под руководством ведущего ученого ("Наставник"), проводимый совместно с городом Севастополем. По результатам конкурса РФФИ были выбраны 4 проекта.
Ежегодно в университетах Севастополя проводятся более 140 научных мероприятий, 35% которых являются международными. Расширяется перечень государств-участников и соорганизаторов научных мероприятий.