Одним из главных рисков в сфере межрегиональных и внешнеэкономических связей Сахалинской области является закрепление позиции поставщика топливно-энергетических ресурсов низкой степени переработки.
Сложившаяся экспортно-сырьевая специализация региона увеличивает зависимость социально-экономического развития региона от конъюнктуры мировых рынков нефти и газа. В то же время у региональных товаропроизводителей отсутствуют финансовые ресурсы и соответствующий опыт для выхода на внешние рынки с новой для области экспортной продукцией в достаточно крупных объемах. Маркетинг зарубежных рынков, поиск партнеров, дорогостоящий переговорный процесс, необходимость понимания международных стандартов и практики подготовки сделок создают серьезные вызовы для местных производителей. В сложившихся условиях высокие издержки по созданию экспортной базы и осуществлению ВЭД сдерживают появление в области "новых" экспортеров и экспортных товарных позиций.
Другие проблемы относятся не к внешнеэкономической деятельности и межрегиональному взаимодействию как таковым, а к состоянию транспортной инфраструктуры Сахалинской области. Так, например, регион попадает в зону эффективной логистики для 4 - 5 мировых городов и более 10 второстепенных. Однако для использования логистического потенциала Сахалинской области необходимо обеспечить прямую транспортную доступность региона для потенциальных кооперантов.