Ресурсные ограничения рыбной отрасли Сахалинской области связаны с концентрацией предприятий на вылове ограниченной номенклатуры водных биоресурсов, что ведет к неравномерной добыче и массовому недоосвоению имеющихся ресурсов.
Все объекты ВБР возможно разделить на две группы: (1) на которые устанавливается Общий Допустимый Улов (ОДУ) и (2) на которые ОДУ не распространяется. Добыча ресурсов первой группы разрешена только для компаний, имеющих долю от ежегодно выделяемой квоты. Список таких компаний ограничен и до истечения действия договора с Федеральным агентством по рыболовству, который действует до 2034 г., не может претерпевать значительные изменения.
Более 50% от общего объема добычи приходится на минтай, а оставшиеся 50% распределяются между следующими объектами добычи: сельдь тихоокеанская, треска тихоокеанская, терпуг, навага, краб, креветка, лосось, гребешок и пр.
Объем видов, рекомендованных к добыче, на которые ОДУ не распространяется, составляет 256,8 тыс. тонн, их фактическое изъятие составляет 176,5 тыс. тонн. Среди недоосваиваемых объектов ВБР можно выделить следующие виды: сайра 626 тонн; сардина-иваси 2073 тонн; скумбрия 1352 тонн; ламинария 8333 тонн; кальмары Тихоокеанский и Бартрама 2969 тонн; лемонема 100 тонн; анчоусы 492 тонны; бычки, скаты 2146 тонн.
Таким образом, рыбохозяйственная отрасль Сахалинской области недоосваивает более 18 тыс. тонн ВБР, продукция из которых является востребованной на внутреннем рынке Российской Федерации.
Также в последнее время наблюдается тенденция на снижение подходов тихоокеанских лососей, что подтверждается уменьшением уловов как в четные, так и в нечетные годы.
Рыбная промышленность региона также сталкивается и с другими, не менее острыми, проблемами:
- дефицит квалифицированных кадров. Несоответствие структуры подготовки и кадровых потребностей организаций. Сохраняется высокая потребность в квалифицированных специалистах со стороны предприятий при недостаточном взаимодействии образовательных учреждений и организаций рыбохозяйственного комплекса;
- транспортно-логистические проблемы. Недостаток мест базирования флота. На 2500 км Восточно-Сахалинской промысловой подзоны - 6 точек базирования флота, что позволяет облавливать не более 34% прибрежных акваторий малым флотом, на Курилах - не более 13%;
- слабая материально-техническая база и финансирование Сахалинского филиала ВНИРО (СахНИРО) - участниками отрасли отмечается недостаточное качество (оправдываемость) прогнозов ресурсной базы;
- управленческие и нормативно-правовые ограничения. Запрет на развод аквакультуры (марикультуры) в границах рыболовных участков.
Ограничения по рынкам сбыта для рыбопромышленного комплекса Сахалинской области в условиях пандемии существенны (введение эпидемиологических требований к грузам), происходит переориентация рыбохозяйственных предприятий на загрузку береговых производственных мощностей.