Основными проблемами пространственного развития Сахалинской области являются:
- низкая связность территорий как внутри Сахалинской области, так и с материковой частью Российской Федерации;
- сложные природно-климатические и инженерно-геологические условия для осуществления экономической деятельности и развития системы расселения;
- вымывание населения из срединной и северной зон о. Сахалин;
- отсутствие ощутимого роста общей численности населения Сахалинской области.
Данные проблемы становятся более важными в контексте вызовов, которые стоят перед Сахалинской областью в средне- и долгосрочной перспективе:
1) экономический рост, происходящий в Сахалинской области в последние 20 лет, сопровождается вымыванием человеческого капитала и острой нехваткой квалифицированных кадров;
2) Сахалинская область, фактически являясь частью Азиатско-Тихоокеанского региона, по масштабу экономической деятельности несопоставима с деятельностью основных территориальных игроков АТР. Также несомасштабно и пространственное развитие Сахалинской области и приграничных регионов стран АТР;
3) как часть восточных морских ворот России, Сахалинская область, оставаясь в существующем масштабе (экономическом и демографическом), не может претендовать на использование географических и экономических преимуществ для интеграции в экономическое пространство государств Азиатско-Тихоокеанского региона в ранге равного партнера.