При модернизации и интенсивной модели развития агропромышленного комплекса необходимо учитывать многосторонний характер угроз и рисков. Наиболее существенными из них являются: негативное влияние на развитие сельского хозяйства таких макроэкономических факторов, как либерализация рынка энергоресурсов, рост цен на другие материально-технические средства, потребляемые в отрасли, что ограничивает возможность у большей части сельскохозяйственных товаропроизводителей осуществлять расширенное воспроизводство и инновационные проекты, переход к новым ресурсосберегающим технологиям.
В результате агропромышленный комплекс республики, обладая имеющимся потенциалом для устойчивого развития отрасли, таким как: интенсивный рост поголовья скота во всех категориях хозяйств, значительные площади естественных кормовых угодий и неиспользуемых пашен, развивается в недостаточной мере, сохраняется зависимость продовольственного рынка от ввоза продуктов питания из других регионов.
Также успешному развитию отрасли препятствуют внутренние факторы:
- природно-климатические риски, изменчивость погодных условий, зона рискованного земледелия, короткий вегетационный период и низкий уровень естественного плодородия почв;
- высокая степень износа оросительных систем, низкий уровень проведения комплекса эксплуатационно-ремонтных работ;
- износ используемой сельхозтехники, животноводческих помещений, оборудования для переработки шерсти и кожевенного сырья;
- недостаточность собственных оборотных средств товарного рынка сельхозпредприятий;
- низкий уровень продуктивности скота, слабая организация искусственного осеменения и недостаточная организация откорма сельскохозяйственных животных в республике;
- отсутствие структуры межрайонных центров приема, хранения, переработки и реализации сельскохозяйственной продукции;
- слабая обеспеченность транспортной и инженерной инфраструктуры отрасли;
- слабая оснащенность ветеринарных учреждений ветеринарным оборудованием, несоблюдение требований ветеринарно-санитарных правил по сбору, утилизации и уничтожению биологических отходов;
- высокий уровень воздействия внешних факторов (нападение волков);
- отсутствие прудовых хозяйств по воспроизводству рыбных ресурсов, цехов по переработке рыбных ресурсов, производству консервной продукции;
- миграционный отток молодежи из сельской местности, слабое развитие сельских территорий;