Развитие экологического туризма в Байкальском регионе неразрывно связано с особо охраняемыми природными территориями.
На территории республики действуют следующие категории особо охраняемых природных территорий:
3 заповедника федерального значения "Байкальский", "Баргузинский" и "Джергинский";
2 национальных парка федерального значения "Тункинский" и "Забайкальский";
16 государственных природных заказников, в т.ч. 3 заказника федерального значения: "Алтачейский", "Фролихинский", "Кабанский" и 13 - регионального: "Ангирский", "Боргойский", "Верхне-Ангарский", "Кижингинский", "Кондо-Витимский", Муйский", "Прибайкальский", "Снежинский", "Тугнуйский", "Узколугский", "Улюнский", "Худакский", "Энхалукский";
1 природный парк регионального значения - "Шумак";
6 рекреационных местностей, в т.ч. 1 регионального значения - "Побережье Байкала" и 5 местного значения: "Северо-Байкальская", "Баргузинское побережье Байкала", "Лемасово", "Байкальский прибой - Култушная", "Озеро Щучье";
57 памятников природы регионального значения по следующим профилям: 34 водных; 1 ботанический; 16 геологических; 1 зоологический; 1 ландшафтный; 4 природно-исторических.
Основными направлениями развития туризма на особо охраняемых природных территориях являются:
- развитие туристской инфраструктуры (экологические туристские тропы, визитно-информационные центры, кемпинговые зоны, общественные туалеты и прочее), в том числе путем привлечения инвесторов;
- партнерство с местными сообществами, туристским бизнесом;
- совершенствование правового и методического обеспечения развития туризма;
- разработка комплекса мер для каждой ООПТ по минимизации антропогенного воздействия на природные комплексы, в том числе путем разработки правил, регулирующих поведение посетителей;
- создание единой для всех ООПТ информационной базы данных об объектах показа, условиях посещения и правилах поведения на ООПТ, широкое распространение этой информации, в том числе в сети Интернет;