4.1. Ресурсный резерват "Бэкэ" состоит из двух функциональных зон:
- зоны абсолютного покоя (368 429 га), где запрещены все виды деятельности, в том числе пеший проход и проезд на всех видах транспорта, за исключением мероприятий, связанных с исполнением режима охраны, противопожарных мероприятий и научных исследований, по программам, согласованным с Министерством;
- зоны традиционного природопользования (1 104 704 га).
4.2. На территории ресурсного резервата "Бэкэ" запрещается:
4.2.1. Эксплуатация водных ресурсов, а также любые действия, изменяющие гидрологический режим поверхностных и подземных вод;
4.2.2. Строительство и размещение промышленных объектов, высоковольтных линий, магистральных трубопроводов, автомобильных дорог;
4.2.3. Разработка полезных ископаемых, все виды нарушений почвенного и растительного покрова, выходов минералов, обнажений горных пород, распашка земель, производство взрывов, промышленные лесоразработки;
4.2.4. Движение и стоянка механизированных транспортных средств вне дорог и водных путей общего пользования и вне специально предусмотренных для этого мест, сплав леса по водотокам и водоемам, прогон домашних животных;
4.2.5. Сбор коллекционных и других материалов, за исключением случаев, предусмотренных планом научно-исследовательских работ, согласованным с Министерством;
4.2.6. Уничтожение и отлов диких животных и птиц, разорение нор, гнезд и прочих укрытий и убежищ, а также все виды изменений условий обитания животных, промысловая охота, за исключением охоты в целях ведения традиционного образа жизни и осуществления традиционной хозяйственной деятельности;
4.2.7. Интродукция растений и животных с целью акклиматизации, а также проведение мероприятий, способствующих увеличению численности отдельных видов животных выше естественной емкости угодий;
4.2.8. Применение химических средств в качестве удобрений, а также для борьбы с вредителями, болезнями растений, сорняками и с целью регулирования численности животных;
4.2.9. Загрязнение территории бытовыми и производственными отходами;
4.2.10. Пролет самолетов, вертолетов ниже 500 метров над сушей и водным пространством, преодоление техническими средствами звукового барьера, а также другие виды шумового воздействия, превышающие установленные нормы;