Источниками финансирования Программы являются федеральный бюджет, бюджет Республики Крым, внебюджетные источники. На финансирование Программы предполагается направить средства в сумме 5914928,111 тыс. руб., в т.ч.:
федеральный бюджет - 1265575,5 тыс. руб. (2018 г. - 265728,1 тыс. руб., 2019 г. - 337585,6 тыс. руб., 2020 г. - 330212,5 тыс. руб., 2021 г. - 332049,3 тыс. руб.);
бюджет Республики Крым - 3597899,480 тыс. руб. (2018 г. - 811241,641 тыс. руб., 2019 г. - 916461,940 тыс. руб., 2020 г. - 945334,65 тыс. руб., 2021 г. - 924861,199 тыс. руб.);
внебюджетные средства - 1051453,131 тыс. руб. (2018 г. - 20943,441 тыс. руб., 2019 г. - 560223,0 тыс. руб., 2020 г. - 393694,79 тыс. руб., 2021 г. - 66091,9 тыс. руб., 2022 г. - 10500,0 тыс. руб.). Объем финансирования Программы за счет средств федерального бюджета и бюджета Республики Крым ежегодно уточняется в соответствии с федеральным законом о федеральном бюджете на соответствующий финансовый год и плановый период и законом Республики Крым о бюджете Республики Крым на соответствующий финансовый год и плановый период. Объем финансирования в разрезе мероприятий Программы представлен в приложении 5 к Программе.