Доброозерское болото, как природный объект, имеет черты региональной уникальности и обладает очень высокой природоохранной и научной ценностью, а также эколого-просветительским значением.
Основными задачами ООПТ являются:
поддержание водорегулирующей и водоохранной роли (болотный комплекс регулирует водный режим реки Суда, имеющей важное региональное значение);
сохранение видов растений и животных, занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Вологодской области;
сохранение водно-болотных комплексов с высоким биоразнообразием: флора - 133 вида высших сосудистых растений; фауна - 110 видов позвоночных животных;
сохранение как ценного ягодника (клюква, морошка, голубика, черника, брусника);
сохранение в качестве кормовой базы и убежища для оседлых и кочующих птиц и зверей, как место остановки в период сезонных миграций у водно-болотных видов птиц (территория перспективна для организации ключевых орнитологических территорий);
сохранение в качестве эталонного образца болот сточных котловин олиготрофного типа - уникального регионального геоморфологического типа болот;
сохранение в естественном (малоизмененном) виде, поскольку Доброозерское водно-болотное угодье ни разу не подвергалось осушению и торфодобыче, а леса на болотных островах, предположительно, не подвергались рубке.