В границах ООПТ собственно болотными и водными территориями заняты в частности: Курбозерское участковое лесничество - кварталы NN 1 (выд. 5, 15, 19, 25, 29, 33), 2 (выд. 5, 8, 10), 3 (выд. 3, 6), 4 (выд. 5, 11), 5 (выд. 8, 19), 6 (выд. 2, 10, 26), 12 (выд. 4, 12, 17, 18), 13 (выд. 2, 6, 13, 14, 18), 14 (выд. 9, 12, 15, 22, 29, 30), 15 (выд. 1, 3, 19, 21), 16 (выд. 6, 14), 17 (выд. 9, 19, 20), 23 (выд. 1, 6, 7, 9, 16, 20), 24 (выд. 9, 15), 25 (выд. 9, 11, 13, 14), 26 (выд. 7), 27 (выд. 11), 28 (выд. 4, 5), 35 (выд. 1, 7), 36 (выд. 1, 10, 11, 13), 37 (выд. 1, 5, 7), 38 (выд. 1, 16), 39 (выд. 1, 4); Колошемское участковое лесничество - кварталы NN 153 (выд. 3, 4, 10, 12, 14, 33), 154 (выд. 2, 9), 155 (выд. 1, 10, 15), 156 (выд. 4, 16), 157 (выд. 1, 17), 158 (выд. 1, 28). Остальная часть ООПТ занята хвойными лесами (сосняками, ельниками и древостоями смешанного породного состава).
ООПТ представляет собой крупную сложную болотную систему с серией внутриболотных минеральных лесных островов, внутриболотных дистрофных озер и проточных болотных ручьев. Водно-болотный комплекс находится на границе с Ленинградской областью и расположен в пределах моренной равнины на водоразделе р. Колошмы и ее притока р. Курбы. Комплекс относится к типу болот сточных котловин, находящихся преимущественно на олиготрофной стадии развития. Есть небольшие площади евтрофных и мезотрофных болотных участков. Болото имеет развитые грядово-мочажинные, грядово-озерковые, коврово-мочажинные, коврово-озерковые и коврово-топяные комплексы. По характеру растительности Доброозерское болото специфично для Вологодской области тем, что тут достаточно часто произрастают очеретниковые сообщества. В их составе встречается пухонос дернистый (Trichophorym caespitosum), формирующий самостоятельные ценозы, являющиеся уникальным явлением для региона. Для болота характерно широкое распространение открытых (необлесенных) проточных топей, что связано с его развитием в условиях расчлененного рельефа на склонах холмов, сложенных ледниковыми отложениями.
Наличие минеротрофных проточных топей определяется стоком грунтовых вод, выклинивающихся из-под минеральных берегов и островов. В то же время центральная часть массивов занята олиготрофными топями. Обширные ковровые и грядово-мочажинные участки, подстилаемые мощным слоем торфа, отделяют центральные топи от минеральных берегов. Доброозерское болото отлично от типичных для равнинной части Вологодской области выпуклых концентрических грядово-мочажинных верховых болот: сосново-кустарничково-сфагновые сообщества не занимают на них заметных площадей, покрытые сосной гряды также встречаются редко.
Водно-болотный комплекс имеет высокое природоохранное значение. На территории ООПТ на момент ее проектирования и организации зарегистрировано 28 официально редких видов флоры и фауны, занесенных в Красную книгу Российской Федерации и в Красную книгу Вологодской области. Представители флоры ООПТ, относимые к официально редким видам (постановление Правительства области от 25 июля 2022 года N 942): Baeothryon caespitosum (пухонос дернистый), Lycopodiella inundata (плауночек затопляемый), Dactylorhiza traunsteineri s.l. (пальцекорник Траунштейнера), Drosera anglica (росянка английская), Rhynchospora alba (очеретник белый), Baeothryon alpinum (пухонос альпийский), Utricularia minor (пузырчатка малая), Oxycoccus microcarpus (клюква мелкоплодная), Utricularia intermedia (пузырчатка средняя), Heterogemma laxa (гетерогемма рыхлая), Batrachospermum turfosum (батрахоспермум торфяной), Lobaria pulmonaria (лобария легочная). Представители фауны ООПТ, относимые к официально редким видам: Aguila chrysaetos (беркут), Aguila clanga Pallas (подорлик большой), Anser erythropus (пискулька), Bubo bubo (филин), Cygnus cygnus (лебедь-кликун), Falco columbarius Linnaeus (дербник), Falco peregrinus Tunstall (сапсан), Gavia arctica (гагара чернозобая), Grus grus (журавль серый), Lagopus lagopus (куропатка белая), Lanius excubitor Linnaeus (сорокопут серый), Milvus migrans (коршун черный), Numenius arguatus (кроншнеп большой), Numenius phaecopus (кроншнеп средний), Pluvialis apricaria (ржанка золотистая), Apatura ilia (переливница тополевая).
(в ред. постановления Правительства Вологодской области от 09.01.2023 N 1)