Воды четвертичных отложений часто совместно с гидравлически связанными с ними водами юрских, силурийских и ордовикских отложений, плутонических образований широко используются для централизованного и децентрализованного водоснабжения, водоотбор из них составляет более 90 процентов общего водоотбора из подземных источников по республике.
Уровенный режим подземных вод четвертичного аллювиального горизонта (объект мониторинга, являющийся основным для эксплуатации) в ненарушенных условиях изучался по 6 скважинам ГОНС, расположенным в долинах рек Енисей, Малый Енисей, Элегест. Подземные воды в горных речных долинах образуют подрусловые потоки, направленные параллельно руслу реки, уклоны подземного потока значительные. По многолетним наблюдениям установлена тесная связь режима подземных вод с гидрографом рек и метеофакторами, т.е. наблюдается гидрологический тип (приречный вид) режима.
В 2018 году глубина залегания аллювиальных вод от 2,03 до 8,42 м на первых террасах рек Малый Енисей, Енисей, Элегест. Общий ход уровней аллювиального горизонта по пунктам с приречным видом режима в отчетном году был близок к среднемноголетнему с двумя минимумами (предвесенним и осенним) и одним основным летним максимумом. Предвесенние минимальные уровни в начале апреля были выше среднемноголетних значений на 3,9 м (18 процентов), максимумы выше на 0,4 м (5 процентов), но эти показатели сопоставимы с прошлогодними. На участке отмечается положительная тенденция в поведении УГВ, связанная с увеличением количества осадков. Так подъем по среднегодовым уровням составил 2,9 м - от 14,5 м в 1975 г. до 10,2 м в 2018 году. Амплитуды колебаний, в основном, ниже нормы на 10 - 15 процентов - 1,0 - 1,9 м (норма - 1,1 - 2,2 м), подъем от подпора из-за ледостава в ноябре - декабре достигал 0,6 - 1,0 м.
Основным источником питания всех гидрогеологических подразделений являются атмосферные осадки, фильтрующиеся через поры и трещины в породах зоны аэрации и попадающие в водоносные зоны и перетекание вод из гипсометрически выше лежащих водоносных подразделений. Питание аллювиального горизонта осуществляется также за счет поверхностных вод. Разгрузка подземных вод происходит в речные долины, родниковым стоком и в смежные водоносные подразделения. Основными областями питания являются горные сооружения Западного и Восточного Танну-Ола, Западного Саяна, Восточно-Тувинского нагорья и нагорья Сангилен. Минерализация подземных вод зависит от многих факторов - скорости водообмена, состава вмещающих пород, глубины залегания и т.п., общей закономерностью является ее увеличение от горных районов к котловинам, за исключением вод прирусловых и пойменных отложений основной дрены - Енисея и его притоков.