Фауна. Фауна заповедника типична для Алтае-Саянских горных систем умеренно-влажного климата, где представлен полный высотный спектр горных ландшафтов с базисной степной зоной.
Рыбы и круглоротые заповедника представлены 18 видами, среди которых наиболее редок таймень (Hucho taimen), занесенный в Красную книгу Республики Тыва (2002). Из земноводных обитают 2 вида: сибирский углозуб (Salamandrella keyserlingii) и остромордая лягушка (Rana arvalis). Пресмыкающиеся представлены 3 видами: живородящей ящерицей (Lacerta vivipara), щитомордником Палласа (Agkistrodon halys) и обыкновенной гадюкой (Vipera berus) - видом Красной книги Республики Тыва.
Общий список орнитофауны заповедника включает 236 видов, в том числе 138 гнездящихся. Наиболее богато представлены отряды воробьинообразных, ржанкообразных, соколообразных и гусеобразных птиц. 20 редких видов птиц являются объектами Красной книги Республики Тыва (2002), 10 из них внесены в Красную книгу Российской Федерации (2001). Оптимальные условия для гнездования находят в заповеднике орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla) - вид Красной книги МСОП, скопа (Pandion haliaetus), таежный гуменник (Anser fabalis middendorffii), филин (Bubo bubo) и горный дупель (Gallinago solitaria).
В заповеднике обитает 55 видов млекопитающих, из которых 2 вида из Красных книг Российской Федерации и Республики Тыва: тувинский бобр (Castor fiber tuvinicus), лесной северный олень (Rangifer tarandus fennicus) и 1 вид Красной книги Республики Тыва: выдра (Lutra lutra). Достоверных встреч снежного барса на территории заповедника не зарегистрировано. Необходимы специальные исследования.