Флора и растительность. Разнообразие растительных сообществ заповедника соответствует наиболее гумидному типу вертикальной поясности растительного покрова горных систем Тувы - восточно-саянскому или тоджинскому, характеризующему Тоджинский кедрово-лиственничный округ Восточно-Саянской горной таежной провинции (Куминова, 1985). В низкогорье фрагментарно развит степной пояс, лесостепь в ландшафтном ее понимании в заповеднике отсутствует. Степные экосистемы контактируют с подтаежными или таежными, поднимаясь по южным склонам до высоты 1300 м. В лесном поясе четко прослеживается смена с высотой подтаежных травяных лиственничных и березовых лесов (900 - 1100 м) на преобладающие по площади горно-таежные лиственничные и кедровые моховые леса (1000 - 1700 м). Верхнюю часть лесного пояса (1700 - 1900 м) занимают подгольцовые кедровые, кедрово-лиственничные леса и редколесья. В целом на территории заповедника преобладают лиственничные (44 процента) и кедровые (42 процента) леса, сосновые (5 процентов), березовые (2 процента) и еловые (1 процент) представлены незначительно.
Высокогорный пояс (1900 - 2600 м) по характеру ландшафта горно-тундровый с включением субальпийской и альпийской растительности. К особенностям растительного покрова, обусловленным ледниковыми формами рельефа, относится широкое распространение кустарниковой растительности на флювиогляциальных террасах, сосновых лесов на моренных отложениях в сочетании с мерзлотными процессами - болот и заболоченных редколесий. Характерный элемент для всех высотных поясов - скалы и каменистые россыпи с пионерными группировками растений.
В заповеднике высших сосудистых растений насчитывается 946 видов, мохообразных - 244 видов, включают около 70 процентов возможного состава региональных бриофлор Алтая и Саян. В заповеднике зарегистрировано 134 вида лишайников, в том числе виды, которые впервые приводятся для России, - Peltigera continentalis, P. didactyla var. extenuata, P. neopolydactyla, P. retifoveata (Отнюкова, Витиканиен, 2001). Не изучены эпилитные формы.