Координация деятельности участников Государственной программы осуществляется Министерством сельского хозяйства и продовольствия Республики Мордовия.
Формы и методы организации управления и контроля за реализацией Государственной программы в целом определяются ответственным исполнителем Государственной программы по согласованию с участниками Государственной программы и Правительством Республики Мордовия.
Текущее управление и оперативный контроль за выполнением подпрограмм, включенных в состав Государственной программы, осуществляют соответствующие участники Государственной программы.
Участники ежеквартально представляют ответственному исполнителю Государственной программы соответствующие сводные отчеты о выполнении мероприятий Государственной программы.
Ответственный исполнитель Государственной программы, обобщив и проанализировав отчеты, представляет по итогам года в Министерство экономики, торговли и предпринимательства Республики Мордовия информацию о ходе реализации Государственной программы с внесением предложений по совершенствованию ее реализации и необходимой корректировке намеченных мероприятий.
Ответственный исполнитель Государственной программы ежегодно не позднее 3 месяцев со дня вступления в силу закона о республиканском бюджете Республики Мордовия утверждает согласованный с участниками план реализации и детальный план-график реализации Государственной программы с указанием исполнителей, обеспечивающих реализацию соответствующих мероприятий.
Основным критерием участия муниципальных образований в реализации мер, по которым Государственной программой и входящими в ее состав подпрограммами предусмотрено финансирование за счет средств местных бюджетов, является наличие софинансирования мероприятий органами местного самоуправления в рамках утвержденных муниципальных целевых программ.