2.1. Территория заказника "Верхне-Амурский" состоит из двух кластеров - северного и южного. Северный кластер состоит из двух участков - восточного и западного.
2.2. Площадь заказника "Верхне-Амурский" - 50700 га.
В том числе: площадь северного кластера - 46616 га (площадь восточного участка - 33436 га, площадь западного участка - 13180 га), площадь южного кластера - 4084 га.
2.3. Заказник "Верхне-Амурский" расположен в междуречье рек Ольдой и Большой Невер, ограничиваясь с юга руслом реки Амур, и в районе урочища Албазинский Луг, ограничиваясь рекой Амур и протокой Аян.
2.4. Границы заказника "Верхне-Амурский":
2.4.1. Границы северного кластера:
северная - по грунтовой дороге, идущей к пос. Джалинда, на восток от моста через реку Ольдой до перекрестка в районе высоты 472 (9 км от моста через реку Ольдой), далее от перекрестка на северо-восток по грунтовой дороге, идущей к пос. Среднерейновский, до моста через реку Большой Невер;
восточная - от моста в районе пос. Среднерейновский по правому берегу вниз по течению реки Большой Невер до ее впадения в реку Амур;
южная - по левому берегу реки Амур от устья реки Большой Невер до устья реки Ольдой;
западная - по правому берегу реки Ольдой от устья до дорожного моста.
Границы восточного участка северного кластера:
северная - от перекрестка в районе высоты 472 (9 км от моста через реку Ольдой) на северо-восток по грунтовой дороге, идущей к п. Среднерейновский, до моста через реку Большой Невер;
восточная - от моста в районе пос. Среднерейновский по правому берегу вниз по течению реки Большой Невер до ее впадения в реку Амур;
южная - по левому берегу реки Амур вверх по течению до устья реки Кутоманда, далее по левому берегу реки Кутоманда вверх по течению до пересечения с грунтовой дорогой на пос. Джалинда, далее по этой дороге на северо-запад до перекрестка в районе высоты 472 (9 км от моста через реку Ольдой) с дорогой, идущей к пос. Среднерейновский.