Рельеф гористый с абсолютными отметками высот до 900 м над уровнем моря. Горные хребты имеют мягкие очертания: округлые вершины, широкие и волнистые гребни. Склоны расчленены многочисленными лощинами и долинами малых рек.
Климат очень суровый, с холодной зимой и преобладанием солнечной погоды. Среднегодовая температура воздуха до -8° C, среднемесячная температура января - -30,9° C, июля - +14° C. Период с устойчивыми морозами - до 7 месяцев. Высота снежного покрова в среднем 40 - 60 см. Среднегодовое количество осадков - 500 - 550 мм.
Гидрографическая сеть включает реки и участки рек Лопча, Далыричи, Аготок, Кречики, Нюкжа, Анамдяк. Питание рек - атмосферное, таяние ледников.
Почвы горные буро-таежные иллювиально-гумусовые, сформированные на многолетнемерзлых горных породах.
Заказник "Лопчинский" расположен в зоне хвойных лесов, подзоне средней тайги. Растительность представлена таежными лесами восточносибирского типа с лиственницей, сосной и березой плосколистной. Распространены багульниковые, сфагновые, брусничные, рододендроновые лиственничники. Еловые леса произрастают в долинах рек и по горным склонам, представлены двумя видами ели - аянской и сибирской.
Луга распространены незначительно. Они приурочены к узким прирусловым полосам пойм рек и ключей, обезлесенным рубкой и пожарами участкам.
Животный мир слагают представители восточносибирского фаунистического комплекса.