Рельеф среднегорный, резко расчлененный, гребни гор и увалов широкие, волнистые, вершины округлые. Высоты изменяются в диапазоне от 250 до 700 м.
Климат суровый с холодной малоснежной зимой. Среднегодовая температура воздуха до -2,6° C, среднемесячная температура января - -29,0° C, июля - +20,4° C. Время с устойчивыми морозами - до 6 месяцев. Высота снежного покрова в среднем 20 - 25 см. Среднегодовое количество осадков - 520 - 560 мм.
Гидрографическая сеть включает реки и участки рек Бурея, Мальмальта, Улетич, ключ Лосинский. Поймы рек местами заболочены. Питание рек - атмосферные осадки и грунтовые воды.
Почвы горные буро-таежные, сформировавшиеся на многолетнемерзлых горных породах преимущественно островного характера.
Территория заказника "Мальмальта" расположена на стыке двух растительных зон - хвойных и хвойно-широколиственных лесов в подзонах южной тайги и дальневосточной провинции хвойно-широколиственных лесов. Смешение лесов маньчжурского типа и южной тайги объясняет богатство видового состава растений. Выделяются различные типы лесов: кедрово-лиственничные, дубово-белоберезовые, дубово-черноберезовые, лиственничные, кедрово-еловые.
Луга распространены незначительно. Они приурочены к узким прирусловым полосам пойм рек и ключей.
Животный мир слагают представители восточносибирского фаунистического комплекса и комплекса кедрово-широколиственных лесов.