Рельеф холмисто-волнисто-увалистый с широкими отлогими заболоченными долинами.
Климат континентальный с чертами муссонного. Среднегодовая температура воздуха - -2° C, среднемесячная температура января -24,7° C, июля - +18,9° C. Средняя высота снежного покрова - 15 - 22 см, продолжительность залегания - до 160 дней. Среднегодовое количество осадков - 350 - 490 мм. Влажность воздуха изменяется в пределах 75 - 90%.
Гидрографическая сеть включает участки рек Уркан, Бекет, Гонжа и многочисленные безымянные ключи. В поймах рек - небольшие озера пойменного типа.
Почвы буро-таежные глеевые, сформировавшиеся на преимущественно прерывистых многолетнемерзлых горных породах.
Заказник "Магдагачинский" расположен в зоне хвойных лесов, подзоне южной тайги. Основные лесообразующие породы - лиственница, реже береза плосколистная, сосна. Наряду с чистыми лиственничниками и сосняками широко распространены лиственнично-сосново-белоберезовые древостои.
Встречаются багульниковые, брусничные и рододендроновые лиственничники. По долинам рек проникают теплолюбивые виды деревьев и кустарников.
Луга занимают большие территории. Распространены вейниковые, вейниково-разнотравные, вейниково-осоковые луга, часто со значительным участием кустарников.
Животный мир слагают представители восточносибирского фаунистического комплекса, в который с юга вливаются виды, относящиеся к маньчжурской фауне.