В Калининграде сходятся 7 лучей железных дорог. Внешнее железнодорожное сообщение осуществляется по двум магистралям: по одной - через территорию Литвы, Белоруссии на Россию и страны СНГ, по другой - на Польшу и Германию.
Поездами дальнего следования ежегодно пользуются около 500 тыс. пассажиров, пригородными поездами - более 3 млн. пассажиров.
Кроме того, в 2014 году введен новый для Калининграда вид транспорта - рельсобус. Это рельсовый автобус, который курсирует между Южным вокзалом, микрорайоном Чкаловском и микрорайоном им. А. Космодемьянского, а также доставляет жителей Московского района в центр города.