Для того чтобы Калининградский транспортный узел занял значимые позиции на развивающемся рынке контейнерных перевозок, порты области должны развиваться как единая система, для чего необходимы:
1. Изменение специализации портов. Порт Калининграда, расположенный в центре города, должен взять на себя функции по принятию пассажирских (паромных) судов, в случае углубления канала - по принятию контейнерных судов. Более удаленный порт Балтийска имеет шанс стать мощным транспортным узлом по перевалке всех видов грузов. Однако это потребует разнесения терминалов (контейнерного и насыпного).
2. Формирование эшелонированного порта (развитие тыловой инфраструктуры, обслуживающей всю систему в целом).
3. Развитие производственной инфраструктуры, в том числе создание промышленных зон и индустриальных парков вдоль железнодорожных и автодорог, связывающих порты.